这是 gaeval 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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gaeval - 基于转录本计算基因模型的覆盖率和完整性分数
比对
概要
盖瓦尔 [选项] 对齐方式.gff3 基因.gff3 [更多基因.gff3 ...]
商品描述
基本选项:
-h|--帮助
打印此帮助消息并退出
-v|--版本
打印版本号并退出
计算完整性分数的权重(必须加起来为 1.0):
-a|--alpha: 双
内含子确认,或单外显子基因的预期 CDS 长度百分比; 默认值为 0.6
-b|--beta: 双倍
外显子覆盖; 默认值为 0.3
-g|--gamma: 双倍
% 预期的 5' UTR 长度; 默认值为 0.05
-e|--epsilon: 双倍
% 预期的 3' UTR 长度; 默认值为 0.05
计算完整性分数的预期特征长度:
-c|--exp-cds: 整数
预期的 CDS 长度(以 bp 为单位); 默认值为 400
-5|--exp-5putr: 整数
预期 5' UTR 长度; 默认值为 200
-3|--exp-3putr: 整数
预期 3' UTR 长度; 默认值为 100
使用 onworks.net 服务在线使用 gaeval