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基因组音乐星系 - 按顺序运行全套 MuSiC 工具。

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本文档介绍了基因组音乐星系0.04版（2016-01-01 23:10:18）

概要

基因组音乐星系 [--output-dir=?] --bam-list=? --输出捆绑=？ --roi-file=?
--参考序列=？ --maf 文件=? --路径文件=？ [--numeric-clinical-data-file=?]
[--分类临床数据文件=？] [--突变矩阵文件=？] [--排列=？]
[--normal-min-depth=?] [--tumor-min-depth=?] [--min-mapq=?] [--show-skiped]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--numeric-data-test-method=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--generic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--单独截断] [--合并并发突变] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--临床相关矩阵文件=？]

该工具将运行各个工具所需的所有信息作为参数。 一个
示例用法是：

...音乐播放\
--bam-list 输入/bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinical-data-file 输入/numeric_clinical_data.csv \
--maf-file 输入/myMAF.tsv \
--输出目录 play_output_dir \
--pathway-file 输入/pathway_db \
--reference-sequence 输入/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file 输入/all_coding_regions.bed \
--generic-data-type 基因

所需 争论

清单 文本
BAM 文件的制表符分隔列表 [sample_name normal_bamtumor_bam]

输出包 文本
Galaxy 希望保存音乐输出包的位置

roi 文件 文本
以制表符分隔的 ROI 列表 [chr start stop gene_name]

参考序列 文本
FASTA 格式的参考序列路径

maf 文件 文本
使用 TCGA MAF 规范 v2.3 的突变列表

路径文件 文本
路径信息的制表符分隔文件

可选 争论

输出目录
将写入输出文件和子目录的目录

默认值 '' 如果未指定

数字临床数据文件 文本
样本表 (y) 与数字临床数据类别 (x)

分类临床数据文件 文本
样本表 (y) 与分类临床数据类别 (x)

突变矩阵文件 文本
可以选择存储在计算过程中使用的样本与基因矩阵。

排列 联系电话
用于确定 P 值的排列数

正常最小深度 整数
将正常 BAM 碱基视为覆盖的最小读取深度

肿瘤最小深度 整数
考虑涵盖肿瘤 BAM 碱基的最小读取深度

最小映射 整数
要考虑读取深度计数的读取的最低映射质量

跳过节目 布尔
报告每个跳过的突变，而不仅仅是多少

如果未指定，则默认值 'false' (--noshow-skipped)

不显示跳过 布尔
使节目跳过“假”

忽略基因 文本
以逗号分隔的基因列表要忽略背景突变率

宝马 联系电话
目标区域的背景突变率

最大接近度 文本
2 个突变之间的最大 AA 距离

bmr 修饰符文件 文本
在测试之前修改 BMR 的每个基因的制表符分隔值列表 [gene_name
bmr_修饰符]

数值数据测试方法 文本
'cor' 表示 Pearson 相关性或 'wilcox' 表示 Wilcoxon Rank-Sum Test for
数字临床数据。

如果未指定，则为默认值 'cor'

跳过低-mr-基因 布尔
跳过检测 MR 低于背景 MR 的基因

如果未指定，则默认值 'true'

noskip-低-mr-基因 布尔
使skip-low-mr-genes 'false'

最大 fdr 联系电话
将基因视为 SMG 的最大允许错误发现率

如果未指定，则为默认值 '0.2'

遗传数据类型 文本
矩阵文件中的数据必须是“基因”或“变体”类型的数据

吴注释标题 布尔
使用它默认为 wustl 注释格式标题

nowu-注释标题 布尔
使 wu-annotation-headers 'false'

bmr-组 整数
具有可比 BMR 的样本簇数

如果未指定，则为默认值 '1'

分离截断 布尔
将截断突变分组为一个单独的类别

如果未指定，则默认值“false”（--noseparate-truncations）

鼻分离截断 布尔
使单独的截断为“假”

合并并发muts 布尔
同一样本中一个基因的多个突变被视为1

如果未指定，则默认值 'false' (--nomerge-concurrent-muts)

nomerge 并发 muts 布尔
使合并并发muts '假'

跳过非编码 布尔
从提供的 MAF 文件中跳过非编码突变

如果未指定，则默认值 'true'

noskip 非编码 布尔
使跳过非编码为“假”

跳过静音 布尔
从提供的 MAF 文件中跳过无声突变

如果未指定，则默认值 'true'

noskip-静音 布尔
使跳过静音“假”

最小mut-genes-per-path 整数
具有比这更少的突变基因的通路将被忽略

如果未指定，则为默认值 '1'

glm 模型文件 文本
概述 GLM 的模型类型、响应变量、协变量等的文件
分析。 （见描述）。

处理器 整数
SMG 中使用的处理器数量（需要“foreach”和“doMC”R 包）

如果未指定，则为默认值 '1'

范围 整数
设置在搜索接近命中的氨基酸时“接近”匹配的接近程度

如果未指定，则为默认值 '2'

核范围 整数
在搜索靠近命中的核苷酸位置时，设置“接近”匹配的接近程度

如果未指定，则为默认值 '5'

参考构建 文本
输入“Build36”或“Build37”

如果未指定，则为默认值“Build37”

显示已知的热门 布尔
当发现是新颖的时，显示该基因中已知的 AA

如果未指定，则默认值 'true'

未出现的已知热门歌曲 布尔
使节目已知点击“假”

glm-临床数据文件 文本
临床特征、突变谱、其他混合临床数据（见描述）。

使用-maf-in-glm 布尔
设置此标志以使用从 MAF 文件创建的变体矩阵作为变体输入
GLM 分析。

如果未指定，则默认值 'false' (--nouse-maf-in-glm)

glm 中的 nouse-maf 布尔
使 use-maf-in-glm 'false'

奥马迪尔 途径
omim 氨基酸突变数据库文件夹

宇宙目录 途径
宇宙氨基酸突变数据库文件夹

详细 布尔
打开以显示更大的工作输出

如果未指定，则默认值 'true'

浓浓的 布尔
使冗长的“假”

临床相关矩阵文件 文本
可选择存储在计算过程中内部使用的样本与基因矩阵。

商品描述

此命令可用于对一组数据运行所有 MuSiC 分析工具。 请
有关参数的进一步说明，请参阅各个工具。

作者

托马斯·B·穆尼 (Thomas B. Mooney)，女士

鸣谢

请参阅学分 基因组音乐（1）。

使用 onworks.net 服务在线使用基因组音乐星系