gmod_gff3_preprocessor.plp - 云端在线

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$0 - 准备 GFF3 文件以批量加载到 chado 数据库中。

概要

% gmod_gff_preprocessor [选项] --gfffile

命令行 配置

--gfffile 包含 GFF3 的文件（可选，可以读取
来自标准输入）
--outfile 将用于命名结果文件的名称内核
--splitfile 将文件拆分为更易于管理的块，提供
控制分裂的论据
--onlysplit 拆分文件然后退出（即不排序）
--nosplit 不拆分文件（即只排序）
--hasrefseq 如果文件包含参考序列行，则设置此项
（仅在不拆分文件时才需要）
--dbprofile 指定一个 gmod.conf 配置文件名称（否则使用默认值）
--inheritance_tiers 你期望 tis 文件的继承级别是多少
拥有（默认：3）

商品描述

splitfile -- 将此标志设置为 1 将导致文件被引用拆分
序列。 如果您提供可选参数，它将根据以下内容进一步拆分
这些规则：

source=1 根据源列中的值拆分文件
source=a,b,c 放置具有匹配源的行（通过正则表达式）
'a'、'b' 或 'c' 在单独的文件中
type=a,b,c 将类型与 'a'、'b' 或 'c' 匹配的行放入 a
单独的文件

例如，如果您希望将所有分析结果放在一个单独的文件中，您可以
可以指示“--splitfile type=match”，以及所有 cDNA_match、EST_match 和
cross_genome_match 特征将进入单独的文件（按参考序列分开）。

inheritence_tiers -- 此文件具有的继承级别数。 例如，如果
该文件中有“中心法则”基因（基因/mRNA/外显子，多肽），然后它有 3 个。向上
支持到 4，但数字越大，执行速度越慢。 如果你不
知道，3 是一个合理的猜测。

FASTA 序列
如果 GFF3 文件末尾包含 FASTA 序列，则该序列将被放置在一个
扩展名为“.fasta”的单独文件。 这个fasta文件可以在之后单独加载
使用以下命令加载拆分和/或排序的 GFF3 文件：

gmod_bulk_load_gff3.pl -g

使用 onworks.net 服务在线使用 gmod_gff3_preprocessor.plp