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gmx-anaeig - 分析特征向量/正常模式

概要

gmx分析[-v [<.trr/.cpt/...>][-v2 [<.trr/.cpt/...>]]
[-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>]]
[-n [<.ndx>][-eig [<.xvg>][-eig2 [<.xvg>]]
[-comp [<.xvg>][-rmsf [<.xvg>][-项目 [<.xvg>]]
[-2d [<.xvg>][-3d [<.gro/.g96/...>]]
[-过滤 [<.xtc/.trr/...>][-提取 [<.xtc/.trr/...>]]
[-过度 [<.xvg>][-inpr [<.xpm>][-b [-e ]
[-dt [tu [-[现在[-xvg ]
[-第一 [-最后的 [-跳过 [-最大限度 ]
[-nframes [-[不]拆分[-[无]熵]
[温度 [-涅夫斯基普 ]

商品描述

GMX 分析 分析特征向量。 特征向量可以是协方差矩阵 (GMX
科瓦) 或正常模式分析 (GMX 纳米格).

当轨迹投影到特征向量上时，所有结构都拟合到该结构上
在特征向量文件中（如果存在），否则为结构文件中的结构。
当未提供运行输入文件时，将不考虑周期性。 最多
对特征向量进行分析 -第一 至 -最后的， 但当 -第一 设置为 -1 你
将提示进行选择。

-comp: 绘制每个特征向量原子的向量分量 -第一 至 -最后的.

-rmsf：绘制每个特征向量原子的 RMS 波动 -第一 至 -最后的 （需要 -eig).

-项目: 计​​算轨迹在特征向量上的投影 -第一 至 -最后的。 该
轨迹在其协方差矩阵的特征向量上的投影称为
主成分 (pc)。 检查 pc 的余弦含量通常很有用，
因为随机扩散的 pc 是周期数等于一半的余弦
电脑指数。 pc的余弦含量可以用程序计算 GMX
分析.

-2d：计算轨迹在特征向量上的二维投影 -第一 和 -最后的.

-3d：计算轨迹在前三个选定特征向量上的 3d 投影。

-过滤：过滤轨迹以仅显示沿特征向量的运动 -第一 至 -最后的.

-提取: 计​​算沿平均结构轨迹的两个极端投影
并插入 -nframes 它们之间的框架，或者设置你自己的极端 -最大限度。 该
特征向量 -第一 将被写入除非 -第一 和 -最后的 已明确设置，在
在这种情况下，所有特征向量都将被写入单独的文件。 链标识符将是
写的时候加了 .pdb 具有两个或三个结构的文件（您可以使用 拉斯莫尔 -nmrpdb 至
看这样一个 .pdb 文件）。

交叠 计算 之间 协方差 分析
请注意： 分析应使用相同的拟合结构

-过度: 计​​算文件中特征向量的子空间重叠 -v2 带有特征向量
-第一 至 -最后的 在文件中 -v.

-inpr: 计​​算文件中特征向量之间的内积矩阵 -v 和 -v2。 所有
将使用两个文件的特征向量，除非 -第一 和 -最后的 已经明确设置。

在规划婴儿食品行业的工艺要求时，安全性和可靠性是工艺设计中最重要的方面。 -v, -eig, -v2 和 -eig2 给定，一个单一的数字之间的重叠
生成协方差矩阵。 公式是：

差异 = sqrt(tr((sqrt(M1) - sqrt(M2))^2))
归一化重叠 = 1 - 差异/sqrt(tr(M1) + tr(M2))
形状重叠 = 1 - sqrt(tr((sqrt(M1/tr(M1)) - sqrt(M2/tr(M2)))^2))

其中 M1 和 M2 是两个协方差矩阵，tr 是矩阵的迹。 这
数字与波动平方根的重叠成正比。 这
归一化重叠是最有用的数字，对于相同矩阵为 1，对于相同矩阵为 0
采样的子空间是正交的。

当。。。的时候 -熵 flag 被赋予一个熵估计将基于
拟调和方法并基于 Schlitter 公式。

配置

指定输入文件的选项：

-v [<.trr/.cpt/...>] （特征向量.trr）
全精度轨迹： TRR CPT TNG

-v2 [<.trr/.cpt/...>] （特征向量2.trr） （可选）
全精度轨迹： TRR CPT TNG

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) （可选）
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr） （可选）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

-eig [<.xvg>] （特征值.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-eig2 [<.xvg>] （特征值2.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

指定输出文件的选项：

-comp [<.xvg>] （eigcomp.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-rmsf [<.xvg>] （eigrmsf.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-项目 [<.xvg>] （项目.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-2d [<.xvg>] (2dproj.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-3d [<.gro/.g96/...>] （3dproj.pdb） （可选）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是

-过滤 [<.xtc/.trr/...>] （过滤.xtc） （可选）
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-提取 [<.xtc/.trr/...>] （极端的.pdb） （可选）
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-过度 [<.xvg>] （重叠.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-inpr [<.xpm>] （inprod.xpm） （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

tu （PS）
时间值单位：fs、ps、ns、us、ms、s

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-第一 (1)
用于分析的第一个特征向量（-1 是选择）

-最后的 （-1）
用于分析的最后一个特征向量（-1 到最后一个）

-跳过 (1)
只分析第 nr 帧

-最大限度 (0)
特征向量在平均结构上的投影最大值，max=0 给出
极端

-nframes (2)
极端输出的帧数

-[不]拆分 （否）
时间为零的分割特征向量投影

-[无]熵 （否）
根据拟调和公式或 Schlitter 方法计算熵。

温度 (298.15)
熵计算的温度

-涅夫斯基普 (6)
由于准谐波计算熵时要跳过的特征值的数量
近似。 当您在进行旋转和/或平移配合之前
协方差分析，您会得到 3 或 6 个非常接近于零的特征值，并且
在计算熵时不应考虑这一点。

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