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gmx-angle - 计算角度和二面角的分布和相关性

概要

gmx 角 [-f [<.xtc/.trr/...>][-n [<.ndx>][-od [<.xvg>]]
[-ov [<.xvg>][-的 [<.xvg>][-ot [<.xvg>][-哦 [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>][-要么 [<.trr>][-b [-e ]
[-dt [-[现在[-xvg [-类型 ]
[-[不]全部[-bin宽度 [-[无]定期]
[-[不]钱德勒[-[否]avercorr[-acflen ]
[-[无]标准化[-P [-fitfn ]
[-开始适应 [-末端 ]

商品描述

GMX 角度 计算多个角度或二面角的角度分布。

使用选项 -ov，您可以绘制一组角度的平均角度作为
时间。 随着 -all 选项，第一个图是平均值，其余的是个体
角度。

随着 -的 选项， GMX 角度 还计算反式二面体的分数（仅用于
二面角）作为时间的函数，但这可能只对少数几个人来说很有趣。

使用选项 -oc，计算二面角相关函数。

需要注意的是，索引文件必须包含角度或原子的原子三元组
二面角的四元组。 如果不是这种情况，程序将崩溃。

使用选项 -要么, 一个轨迹文件被转储，其中包含所选二面角的 cos 和 sin
角度，随后可以用作主成分分析的输入，使用
GMX 科瓦.

附加选项 -ot 多重性为 3 的二面角旋转异构体和
-哦 记录此类转换之间时间的直方图，假设输入
轨迹帧在时间上等距。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-n [<.ndx>] （角度.ndx）
索引文件

指定输出文件的选项：

-od [<.xvg>] (angdist.xvg)
xvgr/xmgr 文件

-ov [<.xvg>] (angaver.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-的 [<.xvg>] (dihfrac.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-ot [<.xvg>] (dihtrans.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-哦 [<.xvg>] (tristo.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-oc [<.xvg>] (dihcorr.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-要么 [<.trr>] （轨迹.trr） （可选）
便携式 xdr 格式的轨迹

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-类型 （角度）
要分析的角度类型：角度、二面角、不正确的、ryckaert-bellemans

-[不]全部 （否）
在平均值文件中分别绘制所有角度，按照出现的顺序
索引文件。

-bin宽度 (1)
用于计算分布的 binwidth（度）

-[无]定期 （是）
以 360 度为模打印二面角

-[不]钱德勒 （否）
使用钱德勒相关函数（N[trans] = 1，N[gauche] = 0）而不是余弦
相关函数。 反式定义为 phi < -60 或 phi > 60。

-[否]avercorr （否）
平均各个角度/二面角的相关函数

-acflen （-1）
ACF的长度，默认为帧数的一半

-[无]标准化 （是）
标准化 ACF

-P (0)
ACF 的勒让德多项式的阶数（0 表示无）：0、1、2、3

-fitfn （无）
拟合函数：none、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9

-开始适应 (0)
相关函数的指数拟合开始时间

-末端 （-1）
结束相关函数指数拟合的时间，-1 是直到
end

知 问题

· 计数转换仅适用于多重性为 3 的二面角

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