这是 gmx-bar 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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gmx-bar - 通过 Bennett 接受率计算自由能差异估计
概要
gmx 栏 [-f [<.xvg> [...][-g [<.edr> [...][-o [<.xvg>]]
[-oi [<.xvg>][-哦 [<.xvg>][-[现在[-xvg ]
[-b [-e [温度 [-prec ]
[-nbmin [-nbmax [-nbin [-[没有]extp]
商品描述
GMX 酒吧 通过 Bennett 接受率计算自由能差异估计
方法 (BAR)。 它还自动添加一系列获得的个体自由能
BAR 转换为组合自由能估计值。
每个单独的 BAR 自由能差异都依赖于不同状态下的两个模拟：
说状态 A 和状态 B，由参数 lambda 控制（请参阅 .mdp 参数
初始化 lambda）。 BAR 方法计算哈密顿量的加权平均比率
状态 B 给定状态 A 的差异，反之亦然。 与对方的能量差异
状态必须在模拟期间明确计算。 这可以通过 .mdp
选项 外国_拉姆达.
输入选项 -f 期待多个 dhdl.xvg文件 文件。 支持两种类型的输入文件：
· 一个以上的文件 y-价值。 这些文件应该有带有 dH/dlambda 的列和
德尔塔拉姆达。 lambda 值是从图例中推断出来的：
来自 dH/dlambda 的图例和外部 lambda 值的模拟
Delta H的传说
· 文件只有一个 y-价值。 使用 -extp 这些文件的选项，假设
该 y-value 是 dH/dlambda 并且哈密顿量线性依赖于 lambda。
模拟的 lambda 值是从副标题（如果存在）中推断出来的，
否则来自文件名子目录中的数字。
模拟的 lambda 解析自 dhdl.xvg文件 包含字符串的文件图例
'dH'，图例中的外部 lambda 值，包含大写字母 'D' 和
'H'。 从包含“T =”的图例行解析温度。
输入选项 -g 期待多个 .edr 文件。 这些可以包含任一能量列表
差异（见 .mdp 选项 单独的_dhdl_file)，或一系列直方图（见
.mdp 选项 dh_hist_size 和 dh_hist_spacing）。 温度和 lambda 值为
自动从 能源.edr 文件中。
除了 .mdp 选项 外国_拉姆达，能量差也可以是
从 dH/dlambda 值外推。 这是通过“-extp”选项完成的，它
假设系统的哈密顿量线性依赖于 lambda，这通常不是
的情况下。
自由能估计是使用 BAR 和二分法确定的，精度为
输出集 -prec. 考虑时间相关性的误差估计是
通过将数据分成块并确定自由能差异
这些块并假设这些块是独立的。 最终的误差估计为
根据 5 个区块的平均方差确定。 错误的块编号范围
可以通过选项提供估计 -nbmin 和 -nbmax.
GMX 酒吧 尝试聚合具有相同“本机”和“外来”lambda 值的样本，但
总是假设独立样本。 备注 当聚集能量时
具有不同采样间隔的差异/导数，这几乎肯定不是
正确的。 通常后续的能量是相关的，不同的时间间隔意味着
样本之间的相关程度不同。
结果分为两部分：最后一部分包含以 kJ/mol 为单位的最终结果，
连同每个部分和总数的误差估计。 第一部分包含
以 kT 为单位的详细自由能差估计和相空间重叠测量
（连同他们计算的误差估计）。 打印的值为：
· lam_A：点 A 的 lambda 值。
· lam_B：B 点的 lambda 值。
· DG：自由能估计。
· s_A：A中B的相对熵的估计。
· s_B：A 在 B 中的相对熵的估计。
· stdev：估计每个样本的预期标准偏差。
彼此系综中两个状态的相对熵可以解释为
相空间重叠的度量：lambda_B 的工作样本的相对熵 s_A
在 lambda_A 的集合中（对于 s_B 反之亦然），是“距离”的度量
在两个状态的玻尔兹曼分布之间，对于相同的状态趋于零
分布。 见 Wu & Kofke, J. Chem。 物理123 084109 (2005) 了解更多信息。
预期的每个样本标准偏差的估计，如 Bennett 的原始
BAR 论文：Bennett, J. Comp。 物理22，第 245 页（1976 年）。 等式10 其中给出了估计
抽样的质量（不是直接的实际统计误差，因为它假设
独立样本）。
要获得相空间重叠的视觉估计，请使用 -哦 选择写系列
直方图，连同 -nbin 选项。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xvg> [...] (dhdl.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件
-g [<.edr> [...] (能源.edr) （可选）
能源档案
指定输出文件的选项：
-o [<.xvg>] （酒吧.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件
-oi [<.xvg>] （巴林特.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件
-哦 [<.xvg>] （直方图.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件
其他选项：
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-b (0)
BAR 开始时间
-e （-1）
BAR 的结束时间
温度 （-1）
温度（K）
-prec (2)
小数点后的位数
-nbmin (5)
用于错误估计的最小块数
-nbmax (5)
错误估计的最大块数
-nbin (100)
直方图输出的 bin 数量
-[没有]extp （否）
是否线性外推 dH/dl 值以用作能量
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-bar
