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gmx-confrms - 拟合两个结构并计算 RMSD

概要

gmx 确认 [-f1 [<.tpr/.gro/...>][-f2 [<.gro/.g96/...>]]
[-n1 [<.ndx>][-n2 [<.ndx>][-o [<.gro/.g96/...>]]
[-没有 [<.ndx>][-[现在[-[没有人[-[没有]MW[-[不] PB]
[-[不]适合[-[无名[-[无标签[-[没有]bfac]

商品描述

GMX 确认 计算两个结构的均方根偏差 (RMSD)
在第一个结构上拟合第二个结构的最小二乘法。 这两种结构不
需要具有相同数量的原子，只有用于拟合的两个索引组需要
相同。 和 -芋头 只会使用来自所选组的匹配原子名称
用于拟合和 RMSD 计算。 这在比较蛋白质的突变体时很有用。

叠加的结构被写入文件。 在一个 .pdb 文件这两个结构将是
编写为单独的模型（使用 拉斯莫尔 -nmrpdb）。 也在一个 .pdb 文件，B 因子计算
从原子 MSD 值可以写成 -bfac.

配置

指定输入文件的选项：

-f1 [<.tpr/.gro/...>] （conf1.gro）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续

-f2 [<.gro/.g96/...>] （conf2.gro）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间

-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) （可选）
索引文件

-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) （可选）
索引文件

指定输出文件的选项：

-o [<.gro/.g96/...>] （适合.pdb）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是

-没有 [<.ndx>] （匹配.ndx） （可选）
索引文件

其他选项：

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-[没有人 （否）
只将拟合的结构写入文件

-[没有]MW （是）
质量加权拟合和 RMSD

-[不] PB （否）
尝试再次使分子完整

-[不]适合 （是）
将目标结构与参考进行最小二乘叠加

-[无名 （否）
只比较匹配的原子名称

-[无标签 （否）
为第一个结构添加链标签 A，为第二个结构添加链标签

-[没有]bfac （否）
来自原子 MSD 值的输出 B 因子

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