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gmx-convert-tpr - 制作一个修改过的运行输入文件

概要

gmx 转换-tpr [-s [<.tpr>][-f [<.trr/.cpt/...>][-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>][-o [<.tpr>][-延长 ]
[-直到 [-步骤 [-时间 ]
[-[无]zeroq[-[小说[-[没有]继续]
[-init_fep_状态 ]

商品描述

GMX 转换-tpr 可以通过四种方式编辑运行输入文件。

1. 通过使用选项修改运行输入文件中的步骤数 -延长, -直到 or
-步骤 （nsteps=-1 表示无限步数）

2. (OBSOLETE) 通过创建一个运行输入文件来继续运行，当您的模拟有
由于磁盘已满或制作继续运行输入文件而崩溃。 这个选项
已过时，因为 mdrun 现在写入和读取检查点文件。 备注 那个框架与
需要坐标和速度。 当压力和/或鼻子胡佛温度
使用耦合可以提供能量文件以获得精确的延续
原始运行。

3. 通过为原始 tpx 文件的子集创建 .tpx 文件，这在以下情况下很有用
你想从你的 .tpx 文件中去除溶剂，或者当你想制作一个纯的
Calpha .tpx 文件。 请注意，您可能需要使用 -步骤 -1 （或类似的）得到这个
工作。 警告： Free Introduction .tpx 文件 is 不能 充分 实用.

4. 通过将指定组的费用设置为零。 这在免费时很有用
使用 LIE（线性相互作用能量）方法估算能量。

配置

指定输入文件的选项：

-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件

-f [<.trr/.cpt/...>] （轨迹.trr） （可选）
全精度轨迹： TRR CPT TNG

-e [<.edr>] (能源.edr) （可选）
能源档案

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

指定输出文件的选项：

-o [<.tpr>] (tpout.tpr)
便携式 xdr 运行输入文件

其他选项：

-延长 (0)
将运行时间延长此数量 (ps)

-直到 (0)
将运行时间延长至此结束时间 (ps)

-步骤 (0)
更改步数

-时间 （-1）
从此时的帧继续（ps）而不是最后一帧

-[无]zeroq （否）
将一组（从索引）的费用设置为零

-[小说 （是）
需要来自轨迹的速度

-[没有]继续 （是）
对于精确延续，不应在第一步之前应用约束

-init_fep_状态 (0)
要初始化的 fep 状态

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-convert-tpr