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gmx-editconf - 转换和操作结构文件

概要

gmx 编辑配置 [-f [<.gro/.g96/...>][-n [<.ndx>][-男朋友 [<.dat>]]
[-o [<.gro/.g96/...>][-蜂蜜酒 [<.pqr>][-[现在]
[-[否]ndef[-BT [-框 ]
[-角度 [-d [-[没有]c]
[-中央 [-居中对齐 ]
[-对齐 [-翻译 ]
[-旋转 [-[no] 原则[-规模 ]
[-密度 [-[不] PB[-resnr [-[没有]掌握]
[-rvdw [-[没有]sig56[-[没有]vdwread[-[无]原子]
[-[没有]传说[-标签 [-[没有]连接]

商品描述

GMX 编辑配置 将通用结构格式转换为 .gro, .g96 or .pdb.

该框可以使用选项进行修改 -框, -d 和 -角度。 两 -框 和 -d 会居中
盒子里的系统，除非 -noc 用来。

附加选项 -BT 确定框类型： 三斜的 是一个三斜盒， 立方体 是一个矩形
四边相等的盒子 十二面体 代表菱形十二面体和 八面体 is
一个截断的八面体。 最后两个是三斜盒的特例。 长度
截断八面体的三个盒向量是两个之间的最短距离
对面的六边形。 相对于具有一些周期性图像距离的立方体，体积
具有相同周期距离的十二面体是立方体的 0.71 倍，并且
截断八面体的 0.77 倍。

附加选项 -框 对于立方体、菱形十二面体或截断面只需要一个值
八面体盒子。

-d 的网络 三斜的 框内系统的大小 x-, y-和 z-方向是
用过的。 和 -d 和 立方体, 十二面体 or 八面体 框，尺寸设置为
系统的直径（原子之间的最大距离）加上指定距离的两倍。

附加选项 -角度 仅对选项有意义 -框 和一个三斜盒，不能使用
带选项 -d.

什么时候 -n or -ndef 设置后，可以选择一个组来计算大小和
几何中心，否则使用整个系统。

-旋转 旋转坐标和速度。

-原则 沿坐标轴对齐系统的主轴，最长的
轴与 x-轴。 这可能会让你减少盒子的音量，但要注意
分子可以在一纳秒内显着旋转。

在执行任何其他操作之前应用缩放。 框和坐标
可以缩放以提供一定的密度（选项 -密度）。 请注意，这可能是
不准确的情况下 .gro 文件作为输入给出。 缩放选项的一个特殊功能
是当在一维中给出因子 -1 时，人们会得到一个镜像，镜像
在其中一架飞机上。 当在三个维度上使用 -1 时，点镜图像是
获得。

在应用所有操作后选择组。

可以以粗略的方式去除周期性。 重要的是，盒子向量在
当要删除周期性时，输入文件的底部是正确的。

写作时 .pdb 文件，B 因子可以添加 -男朋友 选项。 读取 B 因子
来自具有以下格式的文件：第一行说明文件中的条目数，
下一行说明一个索引，后跟一个 B 因子。 B 因子将被附加到每个
除非索引大于残基数或除非 -原子 选项
设置。 显然，可以添加任何类型的数字数据而不是 B 因子。 -传说
将产生一排 CA 原子，其 B 因子从最小值到最大值不等
找到的价值，有效地制作了一个图例供查看。

随着选项 -蜂蜜酒 一个特别的 .pdb MEAD 静电程序的 (.pqr) 文件
（泊松-玻尔兹曼求解器）可以制作。 进一步的先决条件是输入文件是一个
运行输入文件。 然后用范德瓦尔斯半径填充 B 因子字段
原子，而占据场将保持电荷。

选项 -抓牢 是相似的，但它将电荷放在 B 因子中，并将半径放在
入住率。

附加选项 -对齐 允许将指定组的主轴与
给定的向量，由指定的可选旋转中心 -居中对齐.

最后，有选项 -标签, 编辑配置 可以将链标识符添加到 .pdb 文件，它可以
可用于 Rasmol 等分析。

转换由使用立方体的包生成的截断八面体文件
切掉的角（如 GROMOS），使用：

gmx editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out

哪里 威克伦 是立方体的大小乘以 开方(3)/2。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

-男朋友 [<.dat>] （bfact.dat） （可选）
通用数据文件

指定输出文件的选项：

-o [<.gro/.g96/...>] （out.gro） （可选）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是

-蜂蜜酒 [<.pqr>] （米德.pqr） （可选）
MEAD的坐标文件

其他选项：

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-[否]ndef （否）
从默认索引组中选择输出

-BT （三临床）
箱型为 -框 和 -d: 三斜、立方、十二面体、八面体

-框 (0 0 0)
框向量长度 (a,b,c)

-角度 （90 90 90）
框向量之间的角度 (bc,ac,ab)

-d (0)
溶质与盒子之间的距离

-[没有]c （否）
盒子中的中心分子（由 -框 和 -d)

-中央 (0 0 0)
几何中心坐标

-居中对齐 (0 0 0)
对齐的旋转中心

-对齐 (0 0 0)
对齐目标向量

-翻译 (0 0 0)
翻译

-旋转 (0 0 0)
围绕 X、Y 和 Z 轴的旋转度数

-[no] 原则 （否）
沿其主轴定向分子

-规模 (1 1 1)
缩放因子

-密度 (1000)
通过缩放实现的输出框的密度（g/L）

-[不] PB （否）
去除周期性（使分子再次完整）

-resnr （-1）
从 resnr 开始重新编号残基

-[没有]掌握 （否）
将原子的电荷存储在 B 因子场中，并将原子的半径存储在
占用字段

-rvdw (0.12)
默认范德华半径（以纳米为单位），如果在数据库中找不到，或者如果
拓扑文件中不存在任何参数

-[没有]sig56 （否）
使用 rmin/2（范德华势中的最小值）而不是 sigma/2

-[没有]vdwread （否）
从文件中读取范德华半径 vdwradii.dat 而不是计算
基于力场的半径

-[无]原子 （否）
每个原子的强制 B 因子附着

-[没有]传说 （否）
打造 B 因子传奇

-标签 （A）
为所有残基添加链标签

-[没有]连接 （否）
将 CONECT 记录添加到 .pdb 写入文件时。 只能在拓扑为
当下

知 问题

· 对于复杂的分子，周期性去除程序可能会崩溃，在这种情况下你
可以使用 GMX 转转.

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