这是 gmx-freevolume 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gmx-freevolume - 计算自由体积
概要
gmx 自由卷 [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>]]
[-n [<.ndx>][-o [<.xvg>][-b [-e ]
[-dt [tu [-xvg [-[无]rmpbc]
[-sf [-selrpos [-选择 ]
[-半径 [-种子 [-插入 ]
商品描述
GMX 自由卷 计算盒子中的自由体积作为时间的函数。 自由体积
绘制为总体积的一部分。 该程序尝试插入一个探针
给定半径，进入模拟框，如果探针和任何原子之间的距离
小于两个原子的范德华半径之和，则认为该位置
被占用，即非自由。 通过使用 0 的探针半径，真正的自由体积是
计算。 通过使用更大的半径，例如 0.14 nm，大致相当于一个水
分子，将产生具有该尺寸的假设粒子的自由体积。
但是请注意，由于原子被视为硬球，因此这些数字非常
近似，通常只有相对变化才有意义，例如通过做一个
不同温度下的一系列模拟。
选择指定的组被视为描绘非自由卷。 这
每单位体积的插入次数对于获得收敛结果很重要。 关于
1000/nm^3 产生的总体标准偏差由
轨迹而不是由随机数引起的波动。
结果严重依赖于范德瓦尔斯半径； 我们建议使用
值归因于 Bondi (1964)。
一些作者喜欢使用的分数自由体积 (FFV) 由 1 - 1.3*(1-Free
体积）。 该值打印在终端上。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) （可选）
输入轨迹或单一配置： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr） （可选）
输入结构： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
额外的索引组
指定输出文件的选项：
-o [<.xvg>] （自由卷.xvg） （可选）
计算自由体积
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅当 t MOD dt == 第一次 (ps) 时才使用帧
tu （PS）
时间值单位：fs、ps、ns、us、ms、s
-xvg （xmgrace）
绘图格式：无、xmgrace、xmgr
-[无]rmpbc （是）
为每一帧制作完整的分子
-sf
提供文件中的选择
-selrpos （原子）
选择参考位置：atom、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、
Whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、
part_res_cog，part_mol_com，part_mol_cog，dyn_res_com，dyn_res_cog，dyn_mol_com，
动力摩尔齿轮
-选择
被视为排除体积的一部分的原子
-半径 (0)
要插入的探针的半径（nm，0 产生真正的自由体积）
-种子 （-1）
随机数生成器的种子。
-插入 (1000)
每立方纳米的探针插入次数，以尝试针对轨迹中的每一帧。
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