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gmx-grompp - 制作运行输入文件

概要

gmx 咕咕咕 [-f [<.mdp>][-c [<.gro/.g96/...>][-r [<.gro/.g96/...>]]
[-rb [<.gro/.g96/...>][-n [<.ndx>][-p [<.top>]]
[-t [<.trr/.cpt/...>][-e [<.edr>]]
[-参考 [<.trr/.cpt/...>][-po [<.mdp>][-pp [<.top>]]
[-o [<.tpr>][-IMD [<.gro>][-[没有]v[-时间 ]
[-[无]rmvsbds[-最大警告 [-[无]零[-[否]renum]

商品描述

GMX 格罗姆普 （gromacs 预处理器）读取分子拓扑文件，检查有效性
文件，将拓扑从分子描述扩展到原子描述。
拓扑文件包含有关分子类型和分子数量的信息，
预处理器根据需要复制每个分子。 数量没有限制
分子类型。 键和键角可以转化为约束，分别为
氢和重原子。 然后读取坐标文件并生成速度
如果需要，来自麦克斯韦分布。 GMX 格罗姆普 还读取参数 GMX
运行 （例如 MD 步数、时间步长、截止），以及其他如 NEMD 参数，
修正后净加速度为零。 最终一个二进制文件是
生成的可以作为 MD 程序的唯一输入文件。

GMX 格罗姆普 使用拓扑文件中的原子名称。 坐标中的原子名称
文件（选项 -c) 仅当它们与原子名称不匹配时才被读取以生成警告
在拓扑中。 请注意，原子名称与模拟无关，因为只有
原子类型用于生成交互参数。

GMX 格罗姆普 使用内置的预处理器来解析包含、宏等。预处理器
支持以下关键字：

#ifdef 变量
#ifndef 变量
的#else
#ENDIF
#定义变量
#undef 变量
#include "文件名"
＃包括

拓扑中这些语句的功能可以通过使用
在您的两个标志之后 .mdp 文件：

定义 = -DVARIABLE1 -DVARIABLE2
包括 = -I/home/john/doe

有关更多信息，C 编程教科书可能会对您有所帮助。 指定 -pp
flag 会将预处理的拓扑文件写出，以便您可以验证其
内容。

使用位置约束时，可以提供带有约束坐标的文件 -r,
否则将限制从构象 -c 选项。
对于自由能计算，可以提供 B 拓扑的坐标
-rb，否则它们将等于 A 拓扑的那些。

可以从轨迹中读取起始坐标 -t. 带坐标的最后一帧
和速度将被读取，除非 -时间 选项被使用。 只有当这些信息是
没有将在坐标 -c 文件使用。 请注意，这些速度不会
在以下情况下使用 gen_vel = 含 在您的 .mdp 文件。 可以提供能量文件 -e 至
阅读 Nose-Hoover 和/或 Parrinello-Rahman 耦合变量。

GMX 格罗姆普 可用于重新启动模拟（保持连续性），只需提供一个
检查点文件 -t. 然而，为了简单地改变运行步骤的数量来扩展一个
运行，使用 GMX 转换-tpr 比 GMX 格罗姆普. 然后你提供旧的
检查点文件直接到 GMX 运行 -消费物价指数. 如果您想更改合奏或
诸如输出频率之类的东西，然后将检查点文件提供给 GMX 格罗姆普 -t
随着一个新的 .mdp 文件 -f 是推荐的程序。 实际上保留
ensemble（如果可能）仍然需要将检查点文件传递给 GMX 运行 -消费物价指数.

默认情况下，所有由于虚拟站点而具有恒定能量的键合相互作用
建筑将被拆除。 如果这个恒定能量不为零，这将导致
总能量的变化。 所有绑定的交互都可以通过关闭来保持 -rmvsbds.
此外，距离的所有约束都将是恒定的，因为
虚拟网站建设将被删除。 如果任何约束仍然存在
虚拟站点，将导致致命错误。

要验证您的运行输入文件，请注意屏幕上的所有警告，并更正
在必要时。 也看看里面的内容 输出文件 文件; 这包含评论
行，以及输入 GMX 格罗姆普 已阅读。 如有疑问，您可以开始 GMX
格罗姆普 与 -调试 选项，它将在名为的文件中为您提供更多信息
日志文件 （以及真实的调试信息）。 可以看到运行输入文件的内容
与 GMX 倾倒 程序。 GMX 查 可用于比较两个运行输入的内容
文件。

-最大警告 选项可用于覆盖打印的警告 GMX 格罗姆普 否则
停止输出。 在某些情况下，警告是无害的，但通常不是。 用户是
建议在尝试绕过它们之前仔细解释输出消息
这个选项。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.mdp>] （grompp.mdp）
带有 MD 参数的 grompp 输入文件

-c [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间

-r [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) （可选）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间

-rb [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) （可选）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

-p [<.top>] (白杨.顶部)
拓扑文件

-t [<.trr/.cpt/...>] （轨迹.trr） （可选）
全精度轨迹： TRR CPT TNG

-e [<.edr>] (能源.edr) （可选）
能源档案

指定输入/输出文件的选项：

-参考 [<.trr/.cpt/...>] （rotref.trr） （可选）
全精度轨迹： TRR CPT TNG

指定输出文件的选项：

-po [<.mdp>] (mdout.mdp)
带有 MD 参数的 grompp 输入文件

-pp [<.top>] (已处理.top) （可选）
拓扑文件

-o [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件

-IMD [<.gro>] (imdgroup.gro) （可选）
Gromos-87 格式的坐标文件

其他选项：

-[没有]v （否）
大声喧哗

-时间 （-1）
在此时间或之后首先取帧。

-[无]rmvsbds （是）
删除与虚拟站点的持续绑定交互

-最大警告 (0)
输入处理期间允许的警告数。 不适用于正常使用，并且可能
生成不稳定系统

-[无]零 （否）
将没有默认值的绑定交互的参数设置为零而不是
产生错误

-[否]renum （是）
重新编号原子类型并最小化原子类型的数量

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-grompp