这是 gmx-h2order 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gmx-h2order - 计算水分子的方向
概要
gmx h2order [-f [<.xtc/.trr/...>][-n [<.ndx>][-纳米 [<.ndx>]]
[-s [<.tpr>][-o [<.xvg>][-b [-e ]
[-dt [-[现在[-xvg [-d ]
[-sl ]
商品描述
GMX 水序 计算水分子相对于法线的方向
盒子。 该程序确定的偶极矩之间的角度的平均余弦
水和盒子的轴。 盒子被分成几片，每个片的平均方向
切片被打印。 每个水分子被分配到一个切片，每个时间帧，基于
氧气的位置。 什么时候 -纳米 使用时，水偶极子和
计算从质心到氧气的轴，而不是两者之间的角度
偶极子和一个盒子轴。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-n [<.ndx>] （索引.ndx）
索引文件
-纳米 [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件
-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件
指定输出文件的选项：
-o [<.xvg>] （订单.xvg）
xvgr/xmgr 文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-d （Z）
在 X、Y 或 Z 方向上取膜上的法线。
-sl (0)
计算作为 boxlength 函数的 order 参数，将 box 划分为这个数字
片。
知 问题
· 程序将整个水分子分配给一个切片，基于三个原子的第一个
在索引文件组中。 它假定顺序为 O,H,H。 名字不重要，重要的是顺序
是。 如果不满足这个需求，将分子分配到切片是不同的。
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-h2order
