这是 gmx-hydorder 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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gmx-hydorder - 计算给定原子周围的四面体参数
概要
gmx Hydrorder [-f [<.xtc/.trr/...>][-n [<.ndx>][-s [<.tpr>]]
[-o [<.xpm> [...][-要么 [<.out> [...]]
[-幽灵 [<.out> [...][-b [-e ]
[-dt [-[现在[-d [-体重 ]
[-sgang1 [-sgang2 [-t块 ]
[-n级 ]
商品描述
GMX 水合 计算给定原子周围的四面体顺序参数。 双角
计算距离阶参数。 见 P.-L。 周和 AJ 哈德威克，摩尔。 物理，
93, (1998), 511-518。 更多细节。
GMX 水合 计算盒子中 3d 网格中的顺序参数，并在 2 个阶段
该框为用户提供了定义 2D 界面的选项，通过
指定参数 -sgang1 和 -sgang2 （重要的是要明智地选择这些）。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-n [<.ndx>] （索引.ndx）
索引文件
-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件
指定输出文件的选项：
-o [<.xpm> [...] (inf.xpm)
X PixMap 兼容矩阵文件
-要么 [<.out> [...] （原始输出） （可选）
通用输出文件
-幽灵 [<.out> [...] (intfspect.out) （可选）
通用输出文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-d （z）
膜上法线的方向：z, x, y
-体重 (1)
箱形网格的Binwidth
-sgang1 (1)
阶段 1 中的四面体角参数（批量）
-sgang2 (1)
阶段 2 中的四面体角参数（批量）
-t块 (1)
一个时间块平均的帧数
-n级 (100)
2D 中的高度级别数 - XPixMaps
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-hydorder
