这是 gmx-mdmat 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gmx-mdmat - 计算残留接触图
概要
gmx mdmat [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-意思 [<.xpm>][-框架 [<.xpm>][-没有 [<.xvg>]]
[-b [-e [-dt [-xvg ]
[-t [-n级别 ]
商品描述
GMX MDMAT 使距离矩阵由残差之间的最小距离组成
对。 和 -框架，可以存储这些距离矩阵以查看差异
三级结构作为时间的函数。 如果你不明智地选择你的选项，这可能
生成一个大的输出文件。 默认情况下，只有整个矩阵的平均矩阵
轨迹是输出。 也是计算之间不同原子接触的数量
可以在整个轨迹上制作残差。 输出可以用 GMX
xpm2ps 制作 PostScript (tm) 图。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件
指定输出文件的选项：
-意思 [<.xpm>] (dm.xpm)
X PixMap 兼容矩阵文件
-框架 [<.xpm>] (dmf.xpm) （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件
-没有 [<.xvg>] (编号.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-t (1.5)
截距
-n级别 (40)
在这个级别数中离散距离
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-mdmat
