这是 gmx-polystat 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gmx-polystat - 计算聚合物的静态特性
概要
gmx 多态 [-s [<.tpr>][-f [<.xtc/.trr/...>][-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>][-v [<.xvg>][-p [<.xvg>][-i [<.xvg>]]
[-b [-e [-dt [tu ]
[-[现在[-xvg [-[没有]MW[-[没有]pc]
商品描述
GMX 多晶 绘制聚合物的静态特性作为时间的函数并打印
的平均水平。
默认情况下，它确定平均端到端距离和回转半径
聚合物。 它要求一个索引组并将其拆分为分子。 端到端
然后使用索引组中的第一个和最后一个原子来确定每个
分子。 对于回转半径，总和三个主成分为
平均回转张量被写入。 带选项 -v 写入特征向量。
使用选项 -pc 个体回转张量的平均特征值为
书面。 带选项 -i 均方内部距离被写入。
使用选项 -p 持久长度是确定的。 选择的索引组应该
由聚合物主链中连续键合的原子组成。 坚持
然后根据具有指数的键之间的角度的余弦确定长度
差是偶数，不使用奇数对，因为直的聚合物主链
通常都是反式的，因此只有第二个键对齐。 持久化长度
定义为平均 cos 值达到 1/e 的键数。 这一点是
由 log( ）。
配置
指定输入文件的选项：
-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件
指定输出文件的选项：
-o [<.xvg>] (polystat.xvg)
xvgr/xmgr 文件
-v [<.xvg>] (polyvec.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件
-p [<.xvg>] （坚持.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件
-i [<.xvg>] (intdist.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
tu （PS）
时间值单位：fs、ps、ns、us、ms、s
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-[没有]MW （是）
对回转半径使用质量加权
-[没有]pc （否）
绘制平均特征值
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-polystat
