这是 gmx-potential 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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gmx-potential - 计算整个盒子的静电势
概要
gmx 潜力 [-f [<.xtc/.trr/...>][-n [<.ndx>][-s [<.tpr>]]
[-o [<.xvg>][-oc [<.xvg>][-的 [<.xvg>][-b ]
[-e [-dt [-[现在[-xvg ]
[-d [-sl [-cb [-这个 ]
[-tz [-[无]球形[-ng [-[不]正确]
商品描述
GMX 潜力 计算整个盒子的静电势。 潜力是
通过首先将每个切片的电荷相加，然后对其进行两次积分来计算
电荷分布。 不考虑周期性边界。 参考资料
潜力被认为是盒子的左侧。 也可以计算
通过计算电荷分布，球坐标中的电势作为 r 的函数
在球形切片中并两次积分它们。 epsilon_r 取为 1，但 2 更大
在很多情况下是合适的。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-n [<.ndx>] （索引.ndx）
索引文件
-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件
指定输出文件的选项：
-o [<.xvg>] （潜力.xvg）
xvgr/xmgr 文件
-oc [<.xvg>] （收费.xvg）
xvgr/xmgr 文件
-的 [<.xvg>] （字段.xvg）
xvgr/xmgr 文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-d （Z）
在 X、Y 或 Z 方向上取膜上的法线。
-sl (10)
计算作为 boxlength 函数的势能，将 box 除以这个数量
片。
-cb (0)
丢弃此数量的第一个盒子切片进行积分
-这个 (0)
丢弃此数量的最后一个盒子切片进行集成
-tz (0)
将所有坐标按此距离沿框方向平移
-[无]球形 （否）
计算球形物体
-ng (1)
要考虑的组数
-[不]正确 （否）
假设组的净零电荷以提高准确性
知 问题
· 不需要为了集成而丢弃切片。
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