这是 gmx-rmsdist 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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gmx-rmsdist - 计算以 -2、-3 或 -6 为幂的平均原子对距离
概要
gmx rmsdist [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-等效 [<.dat>][-o [<.xvg>][-有效值 [<.xpm>]]
[-scl [<.xpm>][-意思 [<.xpm>][-核磁共振3 [<.xpm>]]
[-核磁共振6 [<.xpm>][-不 [<.dat>][-b [-e ]
[-dt [-[现在[-xvg [-n级别 ]
[-最大限度 [-[不]sumh[-[不] PB]
商品描述
GMX 有效值分配器 计算原子距离的均方根偏差，其具有
优点是不需要像标准 RMS 偏差那样拟合 GMX 有效值.
参考结构取自结构文件。 时间 t 的 RMSD 为
计算为参考中原子对之间距离差异的 RMS
结构和时间 t 的结构。
GMX 有效值分配器 还可以生成均方根距离矩阵，均方根距离与
平均距离和平均距离和具有 NMR 平均距离的矩阵（1/r^3 和
1/r^6 平均）。 最后，平均距离为 1/r^3 和 1/r^6 的原子对列表
低于最大距离（-最大限度，在这种情况下将默认为 0.6) 可以是
生成，默认情况下平均等价氢（所有氢的三元组命名
*[123])。 此外，可以提供等效原子列表（-等效), 每行
包含一组指定为残基编号和名称和原子名称的等效原子；
例如：
高* 3 BE H 3 BE H
残基和原子名称必须与结构文件中的名称完全匹配，包括大小写。
指定非顺序原子是未定义的。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件
-等效 [<.dat>] （相当于.dat） （可选）
通用数据文件
指定输出文件的选项：
-o [<.xvg>] (disrmsd.xvg)
xvgr/xmgr 文件
-有效值 [<.xpm>] (rmsdist.xpm) （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件
-scl [<.xpm>] （均方根刻度.xpm） （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件
-意思 [<.xpm>] （均方根平均值.xpm） （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件
-核磁共振3 [<.xpm>] （核磁共振3.xpm） （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件
-核磁共振6 [<.xpm>] （核磁共振6.xpm） （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件
-不 [<.dat>] (noe.dat) （可选）
通用数据文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-n级别 (40)
在这个级别数中离散化 RMS
-最大限度 （-1）
矩阵中的最大级别
-[不]sumh （是）
等效氢的平均距离
-[不] PB （是）
计算距离时使用周期性边界条件
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-rmsdist
