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gmx-rmsf - 计算原子波动

概要

gmx 有效值 [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>][-oq [<.pdb>][-牛 [<.pdb>][-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>][-oc [<.xvg>][-目录 [<.log>][-b ]
[-e [-dt [-[现在[-xvg [-[无]res]
[-[没有]aniso[-[不]适合]

商品描述

GMX 均方根 计算均方根波动（RMSF，即标准偏差）
轨迹中的原子位置（提供 -f) 在（可选）拟合到一个
参考框架（随附 -s).

使用选项 -oq RMSF 值转换为 B 因子值，然后写入到
.pdb 带有坐标的文件、结构文件的或 .pdb 存档时 -q is
指定的。 选项 -牛 将 B 因子写入具有平均坐标的文件。

随着选项 -od 相对于参考结构的均方根偏差
被计算。

随着选项 -茴香, GMX 均方根 将计算各向异性温度因子，然后它
还将输出平均坐标和一个 .pdb 带有 ANISOU 记录的文件（对应于
此 -oq or -牛 选项）。 请注意，U 值与方向相关，因此在此之前
与实验数据比较你应该验证你适合实验
坐标。

当 .pdb 输入文件被传递给程序，然后 -茴香 标志设置了相关性
将创建 Uij 图，如果任何各向异性温度因子存在于
.pdb 文件中。

使用选项 -目录 平均 MSF (3x3) 矩阵是对角化的。 这显示了方向
其中原子的波动最大和最小。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) （可选）
蛋白质数据库文件

指定输出文件的选项：

-oq [<.pdb>] （bfac.pdb） （可选）
蛋白质数据库文件

-牛 [<.pdb>] （xaver.pdb） （可选）
蛋白质数据库文件

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
xvgr/xmgr 文件

-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-oc [<.xvg>] （相关.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-目录 [<.log>] (rmsf.log) （可选）
日志文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-[无]res （否）
计算每个残基的平均值

-[没有]aniso （否）
计算各向异性温度因子

-[不]适合 （是）
在计算 RMSF 之前进行最小二乘叠加。 没有这个你必须做
确保参考结构和轨迹匹配。

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-rmsf