这是 gmx-sasa 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
gmx-sasa - 计算溶剂可及表面积
概要
gmx莎莎[-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>][-odg [<.xvg>][-要么 [<.xvg>][-oa [<.xvg>]]
[-电视 [<.xvg>][-q [<.pdb>][-b [-e ]
[-dt [tu [-xvg [-[无]rmpbc]
[-[不] PB[-sf [-selrpos [-探测 ]
[-点 [-[没有]保护[-dgs ]
[-表面 [-输出 ]
商品描述
GMX 莎莎 计算溶剂可及表面积。 见 Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. 化学16, 273-284 用于使用的算法。 和
-q，Connolly 曲面也可以在 .pdb 节点所在的文件
表示为原子，连接最近节点的边表示为 CONECT 记录。 -odg
允许从每个原子的溶剂化能估计溶剂化自由能
暴露的表面积。
该程序需要选择要指定的表面计算
-表面. 这应始终由系统中的所有非溶剂原子组成。 面积
这个组总是被计算。 可选， -输出 可以指定额外的选择，
这应该是计算组的子集。 这些溶剂可及的区域
组也从整个表面中提取。
可以计算轨迹上面积的平均值和标准偏差
残基和原子（选项 -要么 和 -oa).
随着 -电视 选项可以计算分子的总体积和密度。 和
-pbc （默认），您必须确保您的分子/表面组不会被拆分
中国人民银行。 否则，您将得到无意义的结果。 还请考虑是否
在这种情况下或您是否更愿意使用（例如，0）时，正常探针半径是合适的。
请记住，体积和密度的结果非常近似。
例如，在冰 Ih 中，可以很容易地将水分子放入孔隙中，从而产生
体积太小，表面积和密度都太高。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) （可选）
输入轨迹或单一配置： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr） （可选）
输入结构： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
额外的索引组
指定输出文件的选项：
-o [<.xvg>] （区域.xvg）
作为时间函数的总面积
-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) （可选）
作为时间函数的估计溶剂化自由能
-要么 [<.xvg>] (rearea.xvg) （可选）
每个残留物的平均面积
-oa [<.xvg>] （atomarea.xvg） （可选）
每个原子的平均面积
-电视 [<.xvg>] （音量.xvg） （可选）
作为时间函数的总体积和密度
-q [<.pdb>] （康诺利.pdb） （可选）
Connolly 曲面的 PDB 文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅当 t MOD dt == 第一次 (ps) 时才使用帧
tu （PS）
时间值单位：fs、ps、ns、us、ms、s
-xvg （xmgrace）
绘图格式：无、xmgrace、xmgr
-[无]rmpbc （是）
为每一帧制作完整的分子
-[不] PB （是）
使用周期性边界条件进行距离计算
-sf
提供文件中的选择
-selrpos （原子）
选择参考位置：atom、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、
Whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、
part_res_cog，part_mol_com，part_mol_cog，dyn_res_com，dyn_res_cog，dyn_mol_com，
动力摩尔齿轮
-探测 (0.14)
溶剂探针半径 (nm)
-点 (24)
每个球体的点数，点数越多，精度越高
-[没有]保护 （是）
将蛋白质输出到 Connolly .pdb 文件也是
-dgs (0)
每面积溶剂化自由能的默认值 (kJ/mol/nm^2)
-表面
曲面计算选择
-输出
输出选择
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