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gmx-select - 打印关于选择的一般信息

概要

gmx 选择 [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-骨 [<.xvg>][-oc [<.xvg>][-oi [<.dat>]]
[一 [<.ndx>][-om [<.xvg>][-的 [<.xvg>]]
[-ofpdb [<.pdb>][-olt [<.xvg>][-b [-e ]
[-dt [tu [-xvg [-[无]rmpbc]
[-[不] PB[-sf [-selrpos ]
[-自输入 [-选择 [-[无]规范]
[-[无]cfnorm[-resnr [-pdbatoms ]
[-[没有]cumlt]

商品描述

GMX 选择 写出关于动态选择的基本数据。 它可以用于一些简单的
分析，或者输出可以与来自其他程序和/或外部的输出相结合
分析程序来计算更复杂的事情。 有关选择的详细帮助
语法，请使用 GMX 帮助 选.

输出选项的任何组合都是可能的，但请注意 -om 只对
第一个选择。 另请注意，如果您不提供输出选项，则不会产生任何输出。

通过 -骨, 计算每个帧的每个选择中的位置数。 和 -规范,
输出介于 0 和 1 之间，并描述了最大数量的分数
位置（例如，对于选择“重命名 RA 和 x < 5”，位置的最大数量是
RA 残基中的原子数）。 和 -cfnorm, 输出除以分数
被选择所覆盖。 -规范 和 -cfnorm 可以独立于一个指定
另一个。

通过 -oc，每个选择所涵盖的分数作为时间的函数写出。

通过 -oi，选定的原子/残基/分子作为时间的函数被写出。 在
输出，第一列包含帧时间，第二列包含数量
位置，然后是原子/残基/分子数。 如果有多个选择
指定，第二组的大小紧跟在第一组的最后一个数字之后
组等等。

通过 一, 选定的原子被写入与兼容的索引文件 使_ndx 和
分析工具。 每个选择都写为一个选择组并用于动态选择
每帧写入一个组。

对于残数，输出 -oi 可以控制 -resnr: 数 （默认）
打印输入文件中出现的残数，而 指数 印花独特
按照残基在输入文件中出现的顺序分配给残基的编号，以
1. 前者更直观，但如果输入包含多个相同的残基
数字，输出可能不太有用。

通过 -om，作为时间的函数为第一个选择打印掩码。 中的每一行
输出对应于一帧，并且每个包含 0/1
可能选择的原子/残基/分子。 1 代表原子/残基/分子是
为当前帧选择，0 为未选择。

通过 -的，每个位置的占用率（即帧的比例
位置）被打印。

通过 -ofpdb, 写出一个 PDB 文件，其中 occupancy 列填充了
选择中每个原子的占有率。 PDB 文件中的坐标将为
那些来自输入拓扑。 -pdbatoms 可用于控制哪些原子出现在
输出 PDB 文件：与 所有 所有原子都存在，与 最大塞尔 所有可能被选中的原子
通过选择存在，并与 选 只有至少被选中的原子
存在一帧。

通过 -olt，将生成一个直方图，将所选位置的数量显示为
位置被连续选择的时间的函数。 -cumlt 可以用来控制
直方图中是否包含更长间隔的子间隔。

-om, -的和 -olt 只有动态选择才有意义。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) （可选）
输入轨迹或单一配置： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr） （可选）
输入结构： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
额外的索引组

指定输出文件的选项：

-骨 [<.xvg>] （尺寸.xvg） （可选）
每个选择中的位置数

-oc [<.xvg>] (cfrac.xvg) （可选）
每个选择的覆盖分数

-oi [<.dat>] (索引.dat) （可选）
每次选择选择的指数

一 [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
选择的索引文件

-om [<.xvg>] （面具.xvg） （可选）
选定位置的掩码

-的 [<.xvg>] （入住率.xvg） （可选）
所选职位的占用分数

-ofpdb [<.pdb>] （占用.pdb） （可选）
PDB 文件，包含所选位置的占用分数

-olt [<.xvg>] （生命周期.xvg） （可选）
寿命直方图

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅当 t MOD dt == 第一次 (ps) 时才使用帧

tu （PS）
时间值单位：fs、ps、ns、us、ms、s

-xvg （xmgrace）
绘图格式：无、xmgrace、xmgr

-[无]rmpbc （是）
为每一帧制作完整的分子

-[不] PB （是）
使用周期性边界条件进行距离计算

-sf
提供文件中的选择

-selrpos （原子）
选择参考位置：atom、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、
Whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、
part_res_cog，part_mol_com，part_mol_cog，dyn_res_com，dyn_res_cog，dyn_mol_com，
动力摩尔齿轮

-自输入 （原子）
默认选择输出位置：atom、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、
Whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、
part_res_cog，part_mol_com，part_mol_cog，dyn_res_com，dyn_res_cog，dyn_mol_com，
动力摩尔齿轮

-选择
要分析的选择

-[无]规范 （否）
使用 -os 按位置总数标准化

-[无]cfnorm （否）
使用 -os 按覆盖分数标准化

-resnr （数字）
带 -oi 和 -on 的残数输出类型：数字、索引

-pdbatoms （所有）
使用 -ofpdb 写入的原子数：all、maxsel、selected

-[没有]cumlt （是）
在 -olt 中累积更长间隔的子间隔

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