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gmx-trjconv - 转换和操作轨迹文件

概要

gmx trjconv [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-fr [<.ndx>][-子 [<.ndx>][-下降 [<.xvg>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>][-b [-e ]
[tu [-[现在[-xvg [-跳过 ]
[-dt [-[没有]回合[-倾倒 [-t0 ]
[-时间步长 [-pbc [-你 ]
[-[无]中心[-boxcenter [-框 ]
[-反式 [-转移 [-合身 ]
[-ndec [-[小说[-[无]力[-截断 ]
[执行 [-分裂 [-[否]九月]
[-nzero [-下拉 [- 下车 ]
[-[没有]连接]

商品描述

GMX 转转 可以通过多种方式转换轨迹文件：

· 从一种格式到另一种格式

· 选择一个原子子集

· 改变周期性表示

· 将多聚体分子保持在一起

· 盒子中的中心原子

· 将原子拟合到参考结构

·减少帧数

· 改变帧的时间戳（-t0 和 -时间步长)

·根据索引文件中的信息将轨迹切割成小子轨迹。
这允许对子轨迹进行后续分析，例如，可以是
聚类分析的结果。 使用选项 -子. 这假设条目中的
索引文件是帧号并将索引文件中的每个组转储到单独的
轨迹文件。

·在给定的数量的一定范围内选择帧 .xvg 文件中。

GMX 猫猫 更适合连接多个轨迹文件。

输入和输出支持以下格式： .xtc, .trr, .gro, .g96 和 .pdb.
从文件扩展名中检测文件格式。 的精度 .xtc 和 .gro
输出取自输入文件 .xtc, .gro 和 .pdb，从 -ndec 选项
其他输入格式。 精度总是取自 -ndec, 设置此选项时。
所有其他格式都有固定的精度。 .trr 输出可以是单精度或双精度，
取决于精度 GMX 转转 二进制。 请注意，速度仅
支持 .trr, .gro 和 .g96 文件。

附加选项 -九月 可用于将每一帧写入单独的 .gro, .g96 or .pdb 文件。 经过
默认情况下，所有帧都写入一个文件。 .pdb 连接所有帧的文件可以
被观看 拉斯莫尔 -nmrpdb.

可以选择部分轨迹并将其写入新的轨迹文件
为了节省磁盘空间，例如为了从蛋白质的轨迹中排除水
在水里。 ALWAYS 把原来的轨迹放在磁带上！ 我们建议使用便携式
.xtc 用于分析的格式以节省磁盘空间并拥有可移植的文件。

有两种选择可以将轨迹拟合到参考中
动力学分析等。第一个选项只是简单地拟合参考结构
在结构文件中。 第二个选项是渐进式拟合，其中第一个时间范围
拟合到结构文件中的参考结构以获得和每个后续
时间框架适合先前安装的结构。 这样一个连续的轨迹
生成，这可能不是使用常规拟合方法时的情况，例如当
您的蛋白质经历了大的构象转变。

附加选项 -pbc 设置周期性边界条件处理的类型：

· 摩尔 把分子的质心放在盒子里，需要一个运行输入文件来
提供 -s.

· 水库 将残基的质心放在盒子里。

· 原子 将所有原子放入盒子中。

· 没有跳跃 检查原子是否跳过盒子然后把它们放回去。 这有
影响所有分子将保持完整（假设它们在初始时是完整的）
构象）。 备注 这确保了连续的轨迹，但分子可能
开箱即用。 此过程的起始配置取自
结构文件，如果提供，否则为第一帧。

· 簇 将所选索引中的所有原子聚集在一起，使它们都最接近
到集群的质心，它被迭代更新。 备注 那个
如果您实际上有一个集群，只会给出有意义的结果。 幸运的是可以
之后使用轨迹查看器进行检查。 另请注意，如果您的分子是
坏了这也行不通。

单独的选项 -集群中心 可用于指定一个近似中心
集群。 这很有用，例如，如果您有两个大囊泡，并且您想要
保持它们的相对位置。

· 全 只使破碎的分子完整。

附加选项 -你 设置选项的单元格表示 摩尔, 水库 和 原子 of -pbc。 所有
三个选项对三斜方盒给出不同的结果，对三斜盒给出相同的结果
长方形盒子。 直肠 是普通的砖块形状。 三角 是三斜晶胞。
紧凑 将所有原子放在距盒子中心最近的距离处。 这可以
用于可视化例如截断的八面体或菱形十二面体。 中心为
选项 三角 和 紧凑 is 三角 （见下文），除非选项 -boxcenter 设置
不一样。

附加选项 -中央 将系统置于盒子中央。 用户可以选择使用的组
确定几何中心。 选项 -boxcenter 设置中心的位置
选项框 -pbc 和 -中央. 中心选项是： 三角: 总和的一半
盒向量， 直肠：框对角线的一半， 零： 零。 使用选项 -pbc 摩尔 此外
至 -中央 当您希望在居中后框中的所有分子时。

附加选项 -框 设置新框的大小。 此选项仅适用于前导尺寸
因此通常只对矩形框有用。 如果你只想修改一些
尺寸，例如从轨迹读取时，您可以使用 -1
应该保持不变的尺寸并不总是可以使用的组合
-pbc, -合身, -你 和 -中央 一通电话就做你想做的事 GMX 转转.
考虑使用多个调用，并查看 GROMACS 网站以获取建议。

通过 -dt，可以减少输出中的帧数。 此选项依赖
输入轨迹中时间的准确性，所以如果这些不准确，请使用
-时间步长 修改时间的选项（这可以同时完成）。 为了使光滑
电影，节目 GMX 过滤 可以在使用低通的同时减少帧数
频率滤波，这减少了高频运动的混叠。

运用 -截断 GMX 转转 可以截断 .trr 就地，即无需复制文件。 这个
当运行在磁盘 I/O（即满磁盘）期间崩溃时很有用，或者当两个连续的
轨迹必须在没有双帧的情况下连接。

附加选项 -倾倒 可用于从您的特定时间或附近提取帧
轨迹，但只有在帧之间的时间间隔一致的情况下才能可靠地工作。

附加选项 -下降 读一个 .xvg 包含时间和值的文件。 When options -下拉 和
- 下车 已设置，帧的值低于和高于相应选项的值
不会写。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr） （可选）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

-fr [<.ndx>] （框架.ndx） （可选）
索引文件

-子 [<.ndx>] （集群.ndx） （可选）
索引文件

-下降 [<.xvg>] (掉落.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

指定输出文件的选项：

-o [<.xtc/.trr/...>] （trajout.xtc）
弹道： 狂喜 TRR 伟大 g96 资料库 TNG

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

tu （PS）
时间值单位：fs、ps、ns、us、ms、s

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-跳过 (1)
只写每个第 nr 帧

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时写入帧

-[没有]回合 （否）
将测量值舍入到最接近的皮秒

-倾倒 （-1）
最接近指定时间的转储帧 (ps)

-t0 (0)
开始时间（ps）（默认：不改变）

-时间步长 (0)
更改输入帧之间的时间步长 (ps)

-pbc （无）
PBC 处理（完整说明请参见帮助文本）：none、mol、res、atom、nojump、
集群，整体

-你 （正）
单元格表示：rect、tric、compact

-[无]中心 （否）
盒子中的中心原子

-boxcenter （三）
-pbc 和 -center 的中心：tric、rect、零

-框 (0 0 0)
新立方体的大小（默认：从输入读取）

-反式 (0 0 0)
所有坐标都将通过 trans 进行平移。 这可以有利地组合
使用 -pbc mol -ur 紧凑型。

-转移 (0 0 0)
所有坐标将通过 framenr*shift 移动

-合身 （无）
将分子拟合到结构文件中的 ref 结构：none、rot+trans、
rotxy+transxy，翻译，transxy，渐进式

-ndec (3)
.xtc 和 .gro 以小数位数书写的精度

-[小说 （是）
如果可能，读取和写入速度

-[无]力 （否）
如果可能，读写强制

-截断 （-1）
在此时间之后截断输入轨迹文件 (ps)

执行
以帧号为参数对每个输出帧执行命令

-分裂 (0)
当 t MOD split = 第一次 (ps) 时开始写入新文件

-[否]九月 （否）
将每个帧写入单独的 .gro、.g96 或 .pdb 文件

-nzero (0)
如果设置了 -sep 标志，请使用这些数字作为文件编号并在前面加上
根据需要归零

-下拉 (0)
丢弃低于此值的所有帧

- 下车 (0)
丢弃高于此值的所有帧

-[没有]连接 （否）
写入时添加连接记录 .pdb 文件。 用于可视化
非标准分子，例如粗粒分子

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-trjconv