这是 gmx-trjorder 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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gmx-trjorder - 根据分子与组的距离对分子进行排序
概要
gmx 排序 [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>][-nshell [<.xvg>][-b ]
[-e [-dt [-xvg [创建 ]
[-in [-[没有]com[-r [-[没有]z]
商品描述
GMX 特洛伊德 根据参考中原子的最小距离对分子进行排序
组或在 z 坐标上（带选项 -z）。 对于距离订购，它会要求一个
一组参考原子和一组分子。 对于轨迹的每一帧
选定的分子将根据原子之间的最短距离重新排序
数 -in 在分子和参考组中的所有原子中。 质心为
通过设置，可以使用分子代替参考原子 -in 到 0. 中的所有原子
轨迹被写入输出轨迹。
GMX 特洛伊德 可用于例如分析最接近蛋白质的n 个水域。 在那里面
如果参考组是蛋白质，分子组将包括
所有的水原子。 当制作前n个水域的索引组时，有序
轨迹可以与任何 GROMACS 程序一起使用来分析 n 个最近的水域。
如果输出文件是 .pdb 文件，到参考目标的距离将存储在
B 因子字段，以便使用 Rasmol 进行着色。
使用选项 -nshell 半径壳内的分子数 -r 周围的
参考组被打印。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件
指定输出文件的选项：
-o [<.xtc/.trr/...>] （已订购.xtc） （可选）
弹道： 狂喜 TRR 伟大 g96 资料库 TNG
-nshell [<.xvg>] (nshell.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
创建 (3)
分子中的原子数
-in (1)
用于距离计算的原子，0 是 COM
-[没有]com （否）
使用到参考组质心的距离
-r (0)
计算中分子数时用于距离计算的截止值
例如蛋白质周围的外壳
-[没有]z （否）
在 z 坐标上排列分子
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-trjorder
