gmx-tune_pme - 云端在线

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gmx-tune_pme - 将 mdrun 作为 PME 等级的函数来优化设置

概要

gmxune_pme [-s [<.tpr>][-消费物价指数 [<.cpt>][-表 [<.xvg>]]
[-平板电脑 [<.xvg>][-表p [<.xvg>]]
[-tableb [<.xvg>][-重新运行 [<.xtc/.trr/...>]]
[-ei [<.edi>][-p [<.out>][-呃 [<.log>]]
[-所以 [<.tpr>][-o [<.trr/.cpt/...>][-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>][-c [<.gro/.g96/...>][-e [<.edr>]]
[-g [<.log>][-dhdl [<.xvg>][-领域 [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>][-tpid [<.xvg>][-eo [<.xvg>]]
[-虔诚的 [<.xvg>][-runav [<.xvg>][-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>][-ro [<.xvg>][-ra [<.log>]]
[-rs [<.log>][-rt [<.log>][-mtx [<.mtx>]]
[-dn [<.ndx>][-交换 [<.xvg>][-博 [<.trr/.cpt/...>]]
[-bx [<.xtc>][-BCPO [<.cpt>][-公元前 [<.gro/.g96/...>]]
[-是 [<.edr>][-背景 [<.log>][-beo [<.xvg>]]
[-bdhdl [<.xvg>][-bfield [<.xvg>][-btpi [<.xvg>]]
[-btpid [<.xvg>][-bdevout [<.xvg>][-布鲁纳夫 [<.xvg>]]
[-bpx [<.xvg>][-bpf [<.xvg>][-兄弟 [<.xvg>]]
[-胸罩 [<.log>][-brs [<.log>][-brt [<.log>]]
[-bmtx [<.mtx>][-bdn [<.ndx>][-bswap [<.xvg>]]
[-xvg [-mdrun [-例如 ]
[-np字符串 [-ntmpi [-r ]
[-最大限度 [-分钟 [-npme [-固定 ]
[-rmax [-rmin [-[否]scalevdw]
[-ntpr [-脚步 [-重置步骤 ]
[-步骤 [-[不]发射[-[没有]长凳[-[不]检查]
[-gpu_id [-[无]附加[-[否]cpnum]
[-定义 ]

商品描述

对于给定的数字 -例如 or -ntmpi 的等级， GMX 调音_pme 系统地计时 GMX 运行
具有不同数量的 PME-only 等级并确定哪个设置最快。 它会
还测试是否可以通过将负载从倒数转移到负载来提高性能
Ewald 和的实空间部分。 只需通过您的 .tpr 文件以 GMX 调音_pme 一起
与其他选项 GMX 运行 如所须。

GMX 调音_pme 需要打电话 GMX 运行 因此需要您指定如何调用 mdrun
与论据 -mdrun 范围。 根据您构建 GROMACS 的方式，值
可能需要诸如“gmx mdrun”、“gmx_d mdrun”或“mdrun_mpi”。

运行 MPI 程序的程序可以在环境变量 MPIRUN 中设置（默认
'mpirun'）。 请注意，对于某些 MPI 框架，您需要提供机器或
主机文件。 这也可以通过 MPIRUN 变量传递，例如

出口 MPIRUN="/usr/local/mpirun -机器文件 主持人” 请注意，在这种情况下，它是
通常需要编译和/或运行 GMX 调音_pme 没有 MPI 支持，所以它可以
调用 MPIRUN 程序。

在进行实际的基准测试之前， GMX 调音_pme 将快速检查是否 GMX
运行 使用提供的并行设置按预期工作，如果 -检查 选项是
已激活（默认）。 请打电话 GMX 调音_pme 使用您会通过的正常选项
至 GMX 运行 并添加 -例如 用于执行测试的等级数，或 -ntmpi HPMC胶囊
线程数。 您还可以添加 -r 多次重复每个测试以变得更好
统计数字。

GMX 调音_pme 可以为您测试各种真实空间/互惠空间工作负载。 和 -ntpr
你控制多少额外的 .tpr 文件将以放大的截止值和较小的截止值写入
分别为傅立叶网格。 通常，第一个测试（编号 0）将使用
从输入设置 .tpr 文件; 最后一次测试（数字 NTPR) 将有库仑
由指定的截止时间 -rmax 同时具有较小的 PME 网格。 在这最后
测试，傅立叶间距乘以 最大值/库仑。 其余 .tpr 文件将
在这些极端之间具有等距的库仑半径（和傅立叶间距）。 备注 这
你可以设置 -ntpr 如果您只是寻求 PME-only 等级的最佳数量，则为 1； 在这种情况下
你的意见 .tpr 文件将保持不变。

对于基准测试，默认 1000 个时间步长应该足以满足大多数 MD 系统的要求。
动态负载均衡需要大约 100 个时间步来适应本地负载不平衡，
因此时间步长计数器默认在 100 步后重置。 对于大型系统
（>1M 个原子），以及为了获得更高的测量精度，您应该设置
-重置步骤 到更高的值。 从 md.log 输出中的“DD”负载不平衡条目
文件，您可以在经过多少步后判断负载已充分平衡。 示例调用：

GMX 调音_pme -例如 64 -s 蛋白质.tpr -发射

打电话后 GMX 运行 多次，详细的性能信息可在
输出文件 性能输出. 备注 在基准测试期间，几个临时文件
被写入（选项 -b*)，这些将在每次测试后自动删除。

如果您希望使用优化的参数自动启动模拟，请使用
命令行选项 -发射.

对启用 GPU 的基本支持 运行 存在。 给出一个包含 GPU 的 ID 的字符串
您希望在优化中使用的 -gpu_id 命令行参数。 不像
运行 -gpu_id，这并不意味着映射，而只是符合条件的集合。 g_tune_pme 将
构造对 mdrun 的适当使用该集合的调用，假设 PP 排名低
索引应该映射到具有低索引的 GPU，并且在
各自的集。

配置

指定输入文件的选项：

-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件

-消费物价指数 [<.cpt>] （状态.cpt） （可选）
检查点文件

-表 [<.xvg>] （表.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-平板电脑 [<.xvg>] (平板电脑.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-表p [<.xvg>] （表p.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-tableb [<.xvg>] （表.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-重新运行 [<.xtc/.trr/...>] （重新运行.xtc） （可选）
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-ei [<.edi>] （萨姆.edi） （可选）
ED采样输入

指定输出文件的选项：

-p [<.out>] （性能输出）
通用输出文件

-呃 [<.log>] (bencherr.log)
日志文件

-所以 [<.tpr>] （调谐.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件

-o [<.trr/.cpt/...>] （轨迹.trr）
全精度轨迹： TRR CPT TNG

-x [<.xtc/.tng>] （traj_comp.xtc） （可选）
压缩轨迹（tng 格式或便携式 xdr 格式）

-cpo [<.cpt>] （状态.cpt） （可选）
检查点文件

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是

-e [<.edr>] (能源.edr)
能源档案

-g [<.log>] （MD.日志）
日志文件

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-领域 [<.xvg>] （字段.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-虔诚的 [<.xvg>] （偏差.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-pf [<.xvg>] (拉.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-ro [<.xvg>] （旋转.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-ra [<.log>] （rotangles.log） （可选）
日志文件

-rs [<.log>] （rotslabs.log） （可选）
日志文件

-rt [<.log>] （旋转扭矩.log） （可选）
日志文件

-mtx [<.mtx>] (纳米.mtx) （可选）
黑森矩阵

-dn [<.ndx>] （偶极子.ndx） （可选）
索引文件

-交换 [<.xvg>] （交换.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-博 [<.trr/.cpt/...>] （长凳.trr）
全精度轨迹： TRR CPT TNG

-bx [<.xtc>] （长凳.xtc）
压缩轨迹（便携xdr格式）：xtc

-BCPO [<.cpt>] （长凳.cpt）
检查点文件

-公元前 [<.gro/.g96/...>] （长凳.gro）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是

-是 [<.edr>] （长凳.edr）
能源档案

-背景 [<.log>] （工作台日志）
日志文件

-beo [<.xvg>] (benchedo.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-bdhdl [<.xvg>] (benchdhdl.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-bfield [<.xvg>] (benchfld.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-btpi [<.xvg>] (benchtpi.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-btpid [<.xvg>] (benchtpid.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-bdevout [<.xvg>] （基准开发.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-布鲁纳夫 [<.xvg>] (benchrnav.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-bpx [<.xvg>] (benchpx.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-bpf [<.xvg>] （基准pf.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-兄弟 [<.xvg>] (benchrot.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-胸罩 [<.log>] （benchrota.log） （可选）
日志文件

-brs [<.log>] （benchrots.log） （可选）
日志文件

-brt [<.log>] （基准测试日志） （可选）
日志文件

-bmtx [<.mtx>] (benchn.mtx) （可选）
黑森矩阵

-bdn [<.ndx>] （基准.ndx） （可选）
索引文件

-bswap [<.xvg>] (benchswp.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

其他选项：

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-mdrun
运行模拟的命令行，例如“gmx mdrun”或“mdrun_mpi”

-例如 (1)
运行测试的等级数（对于单独的 PME 等级必须 > 2）

-np字符串 (np)
的名字 $MPIRUN 指定要使用的等级数的选项（“np”或“n”；
如果没有这样的选项，请使用“无”）：np，n，none

-ntmpi (1)
运行测试的 MPI 线程数（关闭 MPI 和 mpirun）

-r (2)
经常重复每个测试

-最大限度 (0.5)
要测试的 PME 等级的最大比例

-分钟 (0.25)
要测试的 PME 等级的最小分数

-npme （汽车）
在 -min 和 -max 内，对所有可能的值进行基准测试 -npme，或者只是一个合理的
子集。 Auto 忽略 -min 和 -max 并围绕猜测选择合理的值
对于从 .tpr 派生的 npme：自动、全部、子集

-固定 （-2）
如果 >= -1，不要改变 PME-only rank 的数量，而是使用这个固定值
并且只改变库仑和 PME 网格间距。

-rmax (0)
如果 >0，则 -ntpr>1 的最大 rcoulomb（rcoulomb 放大导致傅立叶网格
缩小）

-rmin (0)
如果 >0，则 -ntpr>1 的最小库仑

-[否]scalevdw （是）
使用 rcoulomb 缩放 rvdw

-ntpr (0)
数 .tpr 文件进行基准测试。 用不同的 rcoulomb 创建这么多文件
缩放因子取决于 -rmin 和 -rmax。 如果 < 1，则自动选择
数 .tpr 要测试的文件

-脚步 (1000)
为基准测试中的这么多步骤计时

-重置步骤 (100)
在计时之前让 dlb 平衡这么多步骤（重置周期计数器
经过这么多步骤）

-步骤 （-1）
如果非负，则在实际运行中执行这么多步骤（覆盖 nsteps 从
.tpr，添加 .cpt 脚步）

-[不]发射 （否）
优化后启动真实仿真

-[没有]长凳 （是）
运行基准测试或仅创建输入 .tpr 文件？

-[不]检查 （是）
在基准运行之前，检查 mdrun 是否并行工作

-gpu_id
符合使用条件的 GPU 设备 ID 列表（与 mdrun 不同，不暗示任何
映射）

-[无]附加 （是）
从检查点继续而不是添加时附加到以前的输出文件
模拟零件号到所有文件名（仅用于启动）

-[否]cpnum （否）
保留和编号检查点文件（仅限启动）

-定义
设置默认文件名（仅限启动）

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-tune_pme