这是 gmx-velacc 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
gmx-velacc - 计算速度自相关函数
概要
gmx 速度 [-f [<.trr/.cpt/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>][-骨 [<.xvg>][-b [-e ]
[-dt [-[现在[-xvg [-[没有]米[-[没有]食谱]
[-[无]摩尔[-acflen [-[无]标准化[-P ]
[-fitfn [-开始适应 [-末端 ]
商品描述
GMX 维拉克 计算速度自相关函数。 当。。。的时候 -m 使用选项，
计算动量自相关函数。
使用选项 -摩尔 计算分子的速度自相关函数。 在这
如果索引组应该由分子编号而不是原子编号组成。
确保您的轨迹包含具有速度信息的帧（即 输出 是
设置在你原来的 .mdp 文件），以及数据收集点之间的时间间隔
远短于自相关的时间尺度。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.trr/.cpt/...>] （轨迹.trr）
全精度轨迹： TRR CPT TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr） （可选）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件
指定输出文件的选项：
-o [<.xvg>] (vac.xvg)
xvgr/xmgr 文件
-骨 [<.xvg>] （频谱.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-[没有]米 （否）
计算动量自相关函数
-[没有]食谱 （是）
对于光谱，在 X 轴上使用 cm^-1 而不是 1/ps。
-[无]摩尔 （否）
计算分子的速度acf
-acflen （-1）
ACF的长度，默认为帧数的一半
-[无]标准化 （是）
标准化 ACF
-P (0)
ACF 的勒让德多项式的阶数（0 表示无）：0、1、2、3
-fitfn （无）
拟合函数：none、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9
-开始适应 (0)
相关函数的指数拟合开始时间
-末端 （-1）
结束相关函数指数拟合的时间，-1 是直到
end
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-velacc
