这是 gt-genomediff 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gt-genomediff - 计算 Kr：基因组之间的成对距离。
概要
gt 基因组差异 [选项...] (INDEX | -indexname NAME SEQFILE SEQFILE [...])
商品描述
-索引类型 [...]
指定索引类型，以下之一：esa|pck|encseq。 其中 encseq 是一个编码序列和
增强的后缀数组将仅在内存中构造。 （默认：encseq）
-索引名 [绳子]
要构造的 encseq 的基本名称。 （默认：未定义）
-单元文件 [文件名]
指定基因组单位，见下文描述。 （默认：未定义）
-镜像 [是|否]
虚拟附加每个序列的反向补码（默认：否）
-pl [折扣值]
指定桶排序推荐的前缀长度：不带参数使用； 然后一个
合理的前缀长度是自动确定的。 （默认值：0）
-直流 [折扣值]
指定差异覆盖值（默认值：0）
-内存限制 [绳子]
指定索引构建期间要使用的最大内存量（以字节为单位，
关键词 MB 和 GB 允许）（默认值：未定义）
-扫描 [是|否]
不加载 esa 索引而是按顺序扫描它。 （默认：是）
-thr [折扣值]
散度计算中差异 (du, dl) 的阈值。 默认值：1e-9
-abs_错误 [折扣值]
预期舒伦计算的绝对误差。 默认值：1e-5
-rel_err [折扣值]
预期舒伦计算的相对误差。 默认值：1e-3
-M [折扣值]
最小对数的阈值。 默认值：DBL_MIN
-v [是|否]
详细（默认：否）
-救命
显示基本选项的帮助并退出
-帮助+
显示所有选项的帮助并退出
-版
显示版本信息并退出
基因组差异工具只接受 DNA 输入。
当与序列文件或 encseq 一起使用时，将在内存中构建增强的后缀数组。
ESA 不会被完全创建，但构建将使用 -内存限制 作为门槛
并部分构建它，计算每个部分的 Shu-length。
选项的文件格式 -单元文件 （在 Lua 语法中）：
单位 = {
基因组1 = {“路径/file1.fa”，“file2.fa”}，
基因组2 = {“file3.fa”，“path/file4.fa”}
}
给出文件的路径，因为它们被赋予了 encseq 工具！ 您可以使用
$ gt encseq 信息 INDEXNAME
获取编码序列中的文件列表。
Lua 中的注释行以 -- 并且会被忽略。
有关示例，请参见 GTDIR/testdata/genomediff/unitfile1.lua。
附加选项 -pl, -直流 和 -内存限制 是影响 ESA 建设的选项。
REPORTING BUGS
将错误报告给[电子邮件保护]>.
使用 onworks.net 服务在线使用 gt-genomediff
