这是 gt-seqmutate 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
您的姓名
gt-seqmutate - 改变给定序列文件的序列。
概要
gt 序列变异 [选项...] [sequence_file ...]
商品描述
-速度 [折扣值]
设置突变率(默认值:1)
-宽度 [折扣值]
设置 FASTA 序列打印的输出宽度(0 禁用格式化)(默认值:0)
-o [文件名]
将输出重定向到指定文件(默认值:未定义)
-gzip [是|否]
写入 gzip 压缩输出文件(默认:无)
-bzip2 [是|否]
写入 bzip2 压缩输出文件(默认:无)
-力 [是|否]
强制写入输出文件(默认值:否)
-救命
显示帮助并退出
-版
显示版本信息并退出
对于给定序列中的每个位置,它以概率随机确定
(mutation rate / 100) 如果给定的位置发生了变异。 如果是这样,在 80% 的情况下
分别在 10% 的插入和 10% 的删除中进行替换。 为了
取代和插入事件,核苷酸随机生成,不考虑
原始核苷酸。 也就是说,重新替换是可能的。 这个过程相当于
在以下论文的第 1867 页中描述了一个:
道明 Wu 和 CK 渡边。 全球地图: a 基因组 制图 和 对准 程序 基因 和 EST
序列。 生物信息学, 21(9):1859-1875, 2005.
REPORTING BUGS
将错误报告给[电子邮件保护]>.
使用 onworks.net 服务在线使用 gt-seqmutate