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gt-snpper - 根据基因组给出的对基因组的影响对 SNP 进行注释
注解。

概要

gt 狙击手 [选项...] GFF3_file [GVF_file]

商品描述

-trans_表 [折扣值]
NCBI 翻译表编号，选择：

· 1：标准

·2：脊椎动物线粒体

·3：酵母线粒体

· 4：霉菌线粒体； 原生动物线粒体； 腔肠动物线粒体;
支原体； 螺旋体

· 5：无脊椎动物线粒体

· 6：纤毛虫核； Dasycladacean 核; 六方核

· 9：棘皮动物线粒体； 扁虫线粒体

·10：整倍体核

· 11：细菌、古菌和植物质体

·12：替代酵母核

·13：海鞘线粒体

·14：替代扁虫线粒体

· 15：Blepharisma Macronuclear

·16：叶绿纲线粒体

·21：吸虫线粒体

·22：斜栅藻线粒体

·23：破囊壶菌线粒体

·24：翼鳃类线粒体

· 25：候选分部 SR1 和 Gracilibacteria（默认值：1）

-seq文件 [文件名]
设置从中获取序列的序列文件（默认值：未定义）

-encseq [文件名]
设置从中获取序列的编码序列索引名（默认值：
不明确的）

-seq文件
设置从中提取特征使用的序列文件 -- 终止列表
序列文件

-matchdesc [是|否]
从输入文件的序列描述中搜索所需的序列 ID（在
GFF3)，报告第一场比赛（默认：无）

-matchdesc开始 [是|否]
与所需序列的输入文件中的序列描述完全匹配
从开头到第一个空格的 ID（在 GFF3 中）（默认值：无）

-usedesc [是|否]
使用序列描述将序列 ID（在 GFF3 中）映射到实际序列
条目。 如果描述包含序列范围（例如，III:1000001..2000000），则
第一部分用作序列 ID (III) 和第一个范围位置作为偏移量
(1000001)（默认值：否）

-区域映射 [绳子]
将包含序列区域的文件设置为序列文件映射（默认值：未定义）

-o [文件名]
将输出重定向到指定文件（默认值：未定义）

-gzip [是|否]
写入 gzip 压缩输出文件（默认：无）

-bzip2 [是|否]
写入 bzip2 压缩输出文件（默认：无）

-力 [是|否]
强制写入输出文件（默认值：否）

-救命
显示帮助并退出

-版
显示版本信息并退出

选项的文件格式 -区域映射:

提供给选项 -regionmapping 的文件定义了“映射”。 映射映射
中给出的序列区域条目 GFF3_文件 到一个包含
对应的顺序。 映射可以定义为以下两种形式之一：

映射 = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

函数映射（sequence_region）
返回“hs_ref_”..sequence_region..“.fa.gz”
end

第一种形式定义了一个 Lua (http://www.lua.org) 名为“mapping”的表，它映射每个
序列区域到相应的序列文件。 第二个定义了一个Lua函数
“mapping”，当它被调用时必须返回序列文件名
sequence_region 作为参数。

REPORTING BUGS

将错误报告给[email protected]>.

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