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gtf2gff3 - 将 GTF 格式的文件转换为有效的 GFF3 文件

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本文档介绍了 0.1 版

概要

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

商品描述

此脚本会将 GTF 格式的文件转换为有效的 GFF3 格式的文件。 它会映射
第 3 列（\"type\" 列）中的值有效 SO，但因为许多非标准术语
可能会出现在 GTF 文件的该列中，您可以编辑配置文件以提供您自己的
GTF 功能到 SO 映射。 该脚本还将从外显子、CDS 和
GTF 文件中给出的其他功能。 目前已在 Ensemble 和 Twinscan 上进行测试
GTF，它应该适用于遵循相同规范的任何其他文件。 它确实
不适用于来自 UCSC 表浏览器的 GTF，因为这些文件使用相同的基因 ID
和转录本，因此不可能将多个转录本归为一个基因。 见
脚本随附的 README 以获取更多信息。

选项：

--cfg
提供配置文件的文件名。 请参阅随此提供的配置文件
格式详细信息的脚本。 使用此配置文件来修改
脚本。 如果没有给出配置文件，它会寻找 ./gtf2gff3.cfg， 〜/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg 按此顺序。

- 帮帮我
提供详细的手册页样式帮助消息，然后退出。

诊断

“错误：缺少或非标准属性：parse_attributes”
GTF 文件中的一行没有任何属性，或者它的属性列是
无法解析。

“错误：不支持非转录基因功能。请联系作者以获得支持：
构建基因”
此警告表示跳过了一行，因为它包含非成绩单
基因特征，并且代码目前没有配备来处理这种类型的特征。
这可能不太难添加，所以如果您收到此错误，请与我联系
喜欢支持这些功能。

“错误：必须至少有外显子或 CDS 才能构建转录本：build_trnsc”
一些特征有一个transcript_id，但没有与相关的外显子或CDS
那个transcript_id，所以脚本无法建立一个成绩单。

“错误：seq_id 冲突：validate_and_finish_trnsc”
在同一个成绩单中发现了两个不共享相同 seq_id 的特征。

“错误：源冲突：validate_and_finish_trnsc”
在同一份成绩单中发现了两个不共享同一来源的特征。

“错误：类型冲突：validate_and_finish_trnsc”
在同一成绩单中发现了两个预计共享相同的功能
类型，但他们没有。

“错误：链冲突：validate_and_finish_trnsc”
在同一个成绩单中发现了两个不共享同一条链的特征。

“错误：seq_id 冲突：validate_and_build_gene”
在同一基因中发现了两个不共享相同 seq_id 的特征。

“错误：源冲突：validate_and_build_gene”
在同一基因中发现了两个不共享同一来源的特征。

“错误：链冲突：validate_and_build_gene”
在同一基因中发现了两个不共享同一条链的特征。

“错误：gene_id 冲突：validate_and_build_gene”
在同一个基因中发现了两个不共享相同基因 ID 的特征。

“致命：无法打开 GTF 文件：file_name 进行读取。”
无法打开 GTF 文件进行读取。

“致命：需要外显子或 CDS 来构建转录本：process_start”
注释了 start_codon 特征，但没有关联的外显子或 CDS
使用该transcript_id，因此脚本失败。

“致命：process_start 中未经测试的代码。请联系作者寻求支持。”
编写脚本是为了根据 5' UTR 的存在推断起始密码子，但我们
我们在编写代码时没有这种类型的示例 GTF，所以我们杀死了进程
而不是运行未经测试的代码。 联系作者寻求支持。

“致命：无效的功能集：process_start”
我们试图考虑所有可能的方法来推断起始密码子或推断非
编码基因，但我们失败了。 你的基因特征组合不会
对我们有意义。 你永远不应该得到这个错误，如果你这样做，我们真的很想看到
生成它的 GTF 文件。 请联系作者以获得支持。

“致命：需要外显子或 CDS 来构建转录本：process_stop”
注释了 stop_codon 特征，但没有与此相关的外显子或 CDS
那个transcript_id 所以脚本失败了。

“致命：process_stop 中未经测试的代码。联系作者寻求支持。”
编写脚本是为了根据 3' UTR 的存在推断终止密码子，但我们
我们在编写代码时没有这种类型的示例 GTF，所以我们杀死了进程
而不是运行未经测试的代码。 联系作者寻求支持。

“致命：无效的功能集：process_stop”
我们试图考虑所有可能的方法来推断终止密码子或推断非
编码基因，但我们失败了。 你的基因特征组合不会
对我们有意义。 你永远不应该得到这个错误，如果你这样做，我们真的很想看到
生成它的 GTF 文件。 请联系作者以获得支持。

“致命：无效的功能集：process_exon_CDS_UTR”
我们试图考虑所有可能的推断外显子、CDS 和 UTR 的方法，但我们已经
失败的。 你的基因特征组合对我们来说没有意义。 你真的
应该永远得到这个错误，如果你这样做，我们真的很想看到 GTF 文件
生成它。 请联系作者以获得支持。

“致命：需要数组参考：sort_features。”
用户不应触发此错误。 它几乎可以肯定地表明
软件错误。 请联系作者。

“致命：无法确定链：sort_feature_types。”
这可能表明您的 GTF 文件没有指明特征链
需要它。 它也可能表示软件错误。 请联系作者。

“致命：需要哈希引用：sort_feature_types。”
用户不应触发此错误。 它几乎可以肯定地表明
软件错误。 请联系作者。

“致命：传递给链的无效值：链。”
这可能表明您的 GTF 文件没有指明特征链
需要它。 考虑在配置文件中使用 DEFAULT_STRAND 参数。 它可能
也表示软件错误。 请联系作者。

配置 AND 环境

此脚本提供了一个配置文件。 脚本将寻找那个
./gtf2gff3.cfg 中的配置文件， 〜/gtf2gff3.cfg 或 /etc/gtf2gff3.cfg 按此顺序。
如果在这些位置之一中找不到配置文件并且未提供配置文件
通过 --cfg 标志，它会尝试选择一些合理的默认值，但你真的应该提供
配置文件。 查看提供的配置文件本身以及自述文件
这个包附带的格式和配置文件的详细信息。

依赖

此脚本需要以下可从 CPAN 获得的 perl 包
(www.cpan.org)。

Getopt::Long; 使用配置::标准；

不兼容

没有报道。

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