这是 hhconsensus 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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hhconsensus - 计算 A3M/FASTA 输入文件的一致序列
概要
共识 -i [选项]
商品描述
HHconsensus version 2.0.16 (January 2013) 计算一个共识序列
A3M/FASTA 输入文件。 (C) 约翰内斯·索丁、迈克尔·雷默特、安德烈亚斯·比格特、安德烈亚斯
Hauser Remmert M、Biegert A、Hauser A 和 Soding J. HHblits：闪电般的迭代
通过 HMM-HMM 比对进行蛋白质序列搜索。 纳特。 方法 9:173-175 (2011)。
-i
查询对齐（A2M、A3M 或 FASTA），或查询 HMM
输出 opţiuni:
-s
在 FASTA 中附加一致序列（默认= )
-o
在 A3M 中写入与共有序列的对齐
-oa3m
同
-oa2m
在 A2M 中写入与共有序列的对齐
-ofas
在 FASTA 中写入与共有序列的比对
-v
详细模式：0：无屏幕输出 1：仅警告 2：详细
筛选器 输入 对准 （选项 能够 be 合并）：
-ID [0,100] 最大成对序列同一性 (%) (def=100)
-差异 [0,inf[ 过滤最多样化的序列集，至少保持这个
> 50 列的每个块中的许多序列 (def=0)
-冠状病毒 [0,100] 查询的最小覆盖率 (%) (def=0)
-qid [0,100] 与查询的最小序列同一性 (%) (def=0)
-qsc [0,100] 每列查询的最低分数 (def=-20.0)
输入 对准 格式：
-M a2m 使用 A2M/A3M（默认）：大写 = 匹配； 小写 = 插入； '-' = 删除； '.' =
与插入物对齐的间隙（可以省略）
-M 第一
使用 FASTA：第一个序列中有残基的列是匹配状态
-M [0,100]
使用 FASTA：间隔小于 X% 的列是匹配状态
其他名称 opţiuni:
-地址 添加来自 PSIPRED 的预测二级结构信息
示例：hhconsensus -i 标准输入 -s 标准输出
使用 onworks.net 服务在线使用 hhconsensus
