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hmm2align - 将序列与 HMM 配置文件对齐

概要

嗯2对齐 [选项] hmm2文件 序列文件

商品描述

嗯2对齐 从中读取 HMM 文件 文件 和一组序列 序列文件， 对齐
序列到配置文件 HMM，并输出多序列比对。

序列文件 可以是 HMMER 接受的任何未对齐或对齐的文件格式。 如果它在一个
多重比对格式（例如 Stockholm、MSF、SELEX、ClustalW），现有比对
被忽略（即，读取序列就好像它们未对齐 - hmm2align 将对齐
他们想要的方式）。

配置

-h 打印简要帮助； 包括版本号和所有选项的摘要，包括
专家选项。

-m 仅在对齐中包含那些对齐以匹配状态的符号。 不显示
分配给插入状态的符号。

-o 将对齐保存到文件 而不是标准输出。

-q 安静的; 抑制除对齐本身之外的所有输出。 用于管道或
重定向输出。

专家 配置

--信息
断言输入 序列文件 是格式 ; 不要运行 Babelfish 格式
自检。 这在一定程度上增加了程序的可靠性，因为
Babelfish 会犯错误； 特别推荐用于无人值守、高
HMMER 的吞吐量运行。 有效的格式字符串包括 FASTA、GENBANK、EMBL、GCG、
PIR、斯德哥尔摩、SELEX、MSF、CLUSTAL 和 PHYLIP。 请参阅用户指南以获取
完整清单。

--马帕里
从文件中读取对齐 并将其作为单个对象与 HMM 对齐； 例如
对齐在 保持固定。 这允许您将序列与模型对齐
- 嗯2对齐 并在现有的受信任倍数的上下文中查看它们
结盟。 对齐的对齐由保留在 HMM 中的“映射”定义，
因此速度很快，并且保证与 HMM 的构建方式一致
从对齐。 文件中的对齐方式 必须完全对齐
HMM 是由它构建的。 比较 --维萨利 选项。

- 一条线
输出每个序列一行的对齐，而不是交错
序列比对块。 仅影响斯德哥尔摩格式输出。

--输出格式
以格式输出对齐 . 默认为斯德哥尔摩格式。 有效格式
包括斯德哥尔摩、SELEX、MSF、Clustal、Phylip 和 A2M。

--维萨利
从文件中读取对齐 并将其作为单个对象与 HMM 对齐； 例如
对齐在 保持固定。 这允许您将序列与模型对齐
- 嗯2对齐 并在现有的受信任倍数的上下文中查看它们
结盟。 与对齐的对齐是通过启发式（非最优）完成的
动态编程过程，这可能有点慢并且不能保证
与 HMM 的构建方式完全一致（尽管它应该是
相当接近）。 但是，可以使用任何对齐方式，而不仅仅是
HMM 是从. 比较 --马帕里 选项。

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