这是命令 hmm2emit，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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hmm2emit - 从配置文件 HMM 生成序列
概要
嗯2发射 [选项] 文件
商品描述
嗯2发射 从中读取 HMM 文件 文件 包含一个或多个 HMM，并生成一个
每个 HMM 的序列数； 或者，如果 -c 选项被选中，生成一个
多数规则共识。 这对于需要一个
模拟与序列家族共识一致的序列。
默认情况下， 嗯2发射 生成 10 个序列并以 FASTA（未对齐）格式输出它们。
配置
-a 以对齐格式 (SELEX) 而不是 FASTA 写入生成的序列。
-c 预测单个多数规则一致序列而不是采样序列
从 HMM 的概率分布。 高度保守的残基（p >= 0.9 对于
DNA，蛋白质的 p >= 0.5）以大写字母显示； 其他以小写字母显示。
一些插入状态可能成为多数规则共识的一部分，因为它们是
用于 >= 50% 的生成序列； 当这种情况发生时，插入产生的残基
简单地显示为“x”。
-h 打印简要帮助； 包括版本号和所有选项的摘要，包括
专家选项。
-n 产生 序列。 默认值为 10。
-o 将合成序列保存到文件 而不是将它们写入标准输出。
-q 安静的; 抑制除序列本身之外的所有输出。 对管道有用
或指挥输出。
专家 配置
- 种子
将随机种子设置为 , 哪里 是一个正整数。 默认是使用
时间（） 为每次运行生成不同的种子，这意味着两个不同的
运行 嗯2发射 在同一个 HMM 上会给出略有不同的结果。 您可以使用
此选项可生成可重现的结果。
使用 onworks.net 服务在线使用 hmm2emit
