这是命令 hmmalign 可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
hmmalign - 将序列与配置文件 HMM 对齐
概要
对齐 [选项]
商品描述
对中的所有序列进行多序列比对 通过对齐它们
单独到配置文件 HMM 中 . 新的对齐输出到 标准输出 in
斯德哥尔摩格式。
应该只包含一个配置文件。 如果它包含更多，则只有第一个
将使用文件中的配置文件。
或 or （但不是两者）可能是“-”（破折号），这意味着阅读这个
输入来自 标准输入 而不是一个文件。
中的序列 以 unihit 局部对齐模式对齐。 因此他们
应该已经知道只包含一个域（或一个域的片段）。 这
最佳比对可能会将一些残基指定为非同源（N 和 C 状态），其中
如果这些残基仍然包含在结果比对中，但被推到外部
边缘。 要从结果中修剪这些未对齐的非同源残基，请参阅 - 修剪
选项。
配置
-h 帮助; 打印命令行用法和所有可用选项的简短提醒。
-o 将输出对齐定向到文件 , 而不是 标准输出。
--马帕里
合并文件中的现有对齐方式 进入结果，其中 正是
用于构建模型的相同对齐方式 . 这是使用一个
对齐列到共识配置文件位置的映射，该位置存储在
. 中的多重对齐 将完全复制在其
共识列（由配置文件定义），但显示的对齐方式
插入列可能会改变，因为相对于配置文件的插入是
按照惯例认为是未对齐的数据。
- 修剪 修剪非同源残基（在最佳比对中分配给 N 和 C 状态）
从由此产生的多重对齐输出。
--氨基
指定中的所有序列 是蛋白质。 默认情况下，字母类型为
通过查看残留物成分自动检测。
- 脱氧核糖核酸 指定中的所有序列 是 DNA。
--rna 指定中的所有序列 是 RNA。
--信息
声明输入 是格式 . 接受的序列文件格式
包括 FASTA、EMBL、GenBank、DDBJ、UniProt、斯德哥尔摩和 SELEX。 默认为
自动检测文件的格式。
--输出格式
指定输出多重对齐格式 . 目前，
接受的多重比对序列文件格式仅包括 Stockholm 和 SELEX。
使用 onworks.net 服务在线使用 hmmalign
