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hmmemit - 来自配置文件 HMM 的样本序列

概要

嗯嗯 [选项] 文件

商品描述

嗯嗯 程序从配置文件 HMM 中采样（发出）序列 文件及
将它们写入输出。 采样序列可用于多种目的，
包括为基准测试或测试创建合成真阳性。

默认是从核心概率模型中采样一个未对齐的序列，这
表示每个序列由一个全长结构域组成。 或者，与 -c
选项，您可以发出简单的多数规则共识序列； 或与 -a 选项，你
可以发出对齐（在这种情况下，您可能还想设置 -N 到其他事情
比每个模型 1 个序列的默认值）。

作为另一种选择，与 -p 选项，您可以从完全配置的序列中采样序列
HMMER 搜索配置文件。 这意味着根据 HMMER 的定义对“同源序列”进行采样，
包括非同源侧翼序列、局部比对和每个序列的多个域
序列，具体取决于为配置文件选择的长度模型和对齐模式。

文件 可能包含一个 HMM 库，在这种情况下，每个 HMM 将依次使用。

可能是“-”（破折号），这意味着从 标准输入 而不是一个文件。

COMMON 配置

-h 帮助; 打印命令行用法和所有可用选项的简短提醒。

-o 将输出序列定向到文件 , 而不是 标准输出.

-N 样本 每个模型的序列，而不仅仅是一个。

配置 控制 什么是 TO 发射

默认是采样 N 来自核心模型的序列。 或者，您也可以选择
以下替代方案中的一种（且仅一种）。

-a 为每个 HMM 发出一个对齐 文件 而不是未对齐采样
一次一个序列。

-c 发出多个规则一致序列，而不是从
剖面 HMM 的概率分布。 共有序列由以下组成
选择每个匹配状态的最大概率残差。

-C 发出比 -c 选项。 如果最大
概率残差有 p 敏尔 将其显示为小写“任意”残基（n 或 x）； 如果
p >= 敏尔 和 u 将其显示为小写残数； 如果 p >= u 显示为
大写字母残基。 默认设置为 u 和 敏尔 均为 0.0，即
手段 -C 给出相同的输出 -c 除非你也设置了 u 和 敏尔 给你什么
想。

-p 从隐式搜索配置文件而不是核心中采样未对齐的序列
模型。 核心模型仅包含同源状态（在开始
和 HMMER Plan7 模型的最终状态）。 该轮廓包括非同源 N，
C、J 状态、local/glocal 和 uni/multihit 算法配置，以及
目标长度模型。 因此，从配置文件中采样的序列可能包括
非同源和同源序列，并且可能包含多个
同源序列片段。 默认情况下，配置文件处于多重命中本地模式，并且
目标序列长度配置为L=400。

配置 控制 排放 从 PROFILES

这些选项要求您已设置 -p 选项。

-L 配置配置文件的目标序列长度模型以生成平均长度
大约而不是默认的 400。

- 当地的
配置多重命中局部对齐的配置文件。

--单本地
配置 unihit 局部对齐的配置文件 (Smith/Waterman)。

--全球本地化
配置多重命中全球本地对齐的配置文件。

--uniglocal
配置 unihit 全球本地对齐的配置文件。

配置 控制 FANCY 共识 排放

这些选项要求您已设置 -C 选项.

--最小
设置 敏尔 将弱保守残基显示为小写的阈值。 （0 <=
x <= 1)

--米努
设置 u 将高度保守的残基显示为大写的阈值。 (0
<= x <= 1)

其他 配置

- 种子
用种子随机数生成器 , 一个整数 >= 0. 如果 非零，任意
随机模拟将是可重复的； 相同的命令将给出相同的
结果。 如果 为 0，随机数生成器被任意播种，并且
随机模拟会因同一命令的运行而异。 默认的
是 0：使用任意种子，所以不同 嗯嗯 运行会产生不同的
样本。

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