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hmmfetch - 从文件中检索配置文件 HMM(s)

概要

嗯嗯 [选项]
（检索名为 HMM )

嗯嗯 -f [选项]
（检索列在)

嗯嗯 - 指数 [选项]
（索引取）

商品描述

快速检索一个或多个配置文件 HMM （一个大型 Pfam 数据库，用于
例）。

为获得最大速度， 应该首先索引，使用 嗯嗯 - 指数。 该
index 是一个名为的二进制文件 .ssi. 但是，这是可选的，检索将
仍然可以使用未索引的文件，尽管速度要慢得多。

默认模式是按名称或加入检索单个配置文件，称为 .
例如：

% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045

随着 -f 选项，一个 而是读取包含一个或多个键的列表。
每个非空白非注释行上的第一个以空格分隔的字段
用作a , 并且该行上的任何剩余数据都将被忽略。 这允许多种
用作空格分隔的数据文件 秒.

使用时 -f 的网络 如果 文件 已编入索引，键在
它们出现的顺序 密钥文件，但如果 文件 未编入索引，键在
它们出现的顺序 文件. 这是一个实现的副作用，它允许
多个键要检索，即使 是一个不可重绕的流，就像
标准输入管道。

在正常使用中（没有 - 指数 or -f 选项）， 可能是“-”（破折号），这意味着
读取输入 标准输入 而不是一个文件。 随着 - 指数 选项， 不得
是 '-'; 索引标准输入流没有意义。 随着 -f 选项，
或 or （但不是两者）可能是“-”。 它通常特别有用
读书 来自标准输入，因为这允许使用任意命令
行调用以创建 HMM 名称或加入的列表，然后将它们全部提取到一个新的
文件，只需一个命令。

默认情况下，获取的 HMM 以 HMMER3 格式打印到标准输出。

配置

-h 帮助; 打印命令行用法和所有可用选项的简短提醒。

-f 第二个命令行参数是 而不是单个 。 该
每一行的第一个字段 用作检索 （一个 HMM 名称
或加入）。 空行和注释行（以 # 字符开头）是
忽略了。

-o 输出 HMM(s) 到文件 而不是标准输出。

-O 将 HMM(s) 输出到名为的单个文件 而不是标准输出。 和
此 -f 选项，这可能会导致创建许多文件。

- 指数
而不是从中检索一个或多个配置文件 , 索引
未来的检索。 这创造了一个 .ssi 二进制索引文件。

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