这是命令 hmmfetch 可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
hmmfetch - 从文件中检索配置文件 HMM(s)
概要
嗯嗯 [选项]
（检索名为 HMM )
嗯嗯 -f [选项]
（检索列在)
嗯嗯 - 指数 [选项]
（索引取）
商品描述
快速检索一个或多个配置文件 HMM （一个大型 Pfam 数据库，用于
例）。
为获得最大速度， 应该首先索引，使用 嗯嗯 - 指数。 该
index 是一个名为的二进制文件 .ssi. 但是，这是可选的，检索将
仍然可以使用未索引的文件，尽管速度要慢得多。
默认模式是按名称或加入检索单个配置文件，称为 .
例如：
% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045
随着 -f 选项，一个 而是读取包含一个或多个键的列表。
每个非空白非注释行上的第一个以空格分隔的字段
用作a , 并且该行上的任何剩余数据都将被忽略。 这允许多种
用作空格分隔的数据文件 秒.
使用时 -f 和 如果 文件 已编入索引，键在
它们出现的顺序 密钥文件，但如果 文件 未编入索引，键在
它们出现的顺序 文件. 这是一个实现的副作用，它允许
多个键要检索，即使 是一个不可重绕的流，就像
标准输入管道。
在正常使用中（没有 - 指数 or -f 选项）， 可能是“-”（破折号），这意味着
读取输入 标准输入 而不是一个文件。 随着 - 指数 选项， 不得
是 '-'; 索引标准输入流没有意义。 随着 -f 选项，
或 or （但不是两者）可能是“-”。 它通常特别有用
读书 来自标准输入，因为这允许使用任意命令
行调用以创建 HMM 名称或加入的列表，然后将它们全部提取到一个新的
文件，只需一个命令。
默认情况下，获取的 HMM 以 HMMER3 格式打印到标准输出。
配置
-h 帮助; 打印命令行用法和所有可用选项的简短提醒。
-f 第二个命令行参数是 而不是单个 。 该
每一行的第一个字段 用作检索 （一个 HMM 名称
或加入）。 空行和注释行（以 # 字符开头）是
忽略了。
-o 输出 HMM(s) 到文件 而不是标准输出。
-O 将 HMM(s) 输出到名为的单个文件 而不是标准输出。 和
这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 -f 选项，这可能会导致创建许多文件。
- 指数
而不是从中检索一个或多个配置文件 , 索引 HPMC胶囊
未来的检索。 这创造了一个 .ssi 二进制索引文件。
使用 onworks.net 服务在线使用 hmmfetch
