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HPCdaligner - 生成要运行的脚本 达利纳(1)

概要

HPC对齐器 [-vbAI[-kINT(14)[-wINT(6)][-hINT(35)[-tINT[-MINT[-e双倍(.70)]
[-lINT(1000)[-sINT(100)[-HINT[-m跟踪时]+[-达尔INT(4)[-度INT(25)] 路径：数据库|坝
[第一：整数[-最后：int]]

商品描述

HPC对齐器 将 UNIX shell 脚本写入包含序列的标准输出
有效运行的命令 达利纳(1) 在拆分数据库的所有块对上
然后使用外部对它们进行排序和合并 排序（1）和 拉梅奇(1) 成集合
带有名称的对齐文件 路径.#.las 其中 # 范围从 1 到块数
数据库被拆分成。 如果按 say 连接这些排序的文件 拉猫(1) 将包含
按排序顺序的所有对齐（a-read，然后 b-read，依此类推）。 此外，所有
保证给定 a-read 的重叠不会跨文件拆分，因此可以运行
工件分析器或并行对每个排序文件进行纠错。

数据库之前必须被拆分 数据库拆分(1) 和所有参数，除了
-v, -达尔及 -度, 被传递到调用 达利纳(1). 默认为
这些参数是为 达利纳（1）。 该 -v 详细模式的标志也传递给
所有调用 排序（1）和 拉梅奇（1）。 -达尔 和 -度 选项将在后面描述。

对于一个分为 N 个子块的数据库，调用 达利纳(1) 将产生总
2TN^2 .las 文件假设 daligner 使用 T 线程运行。 然后这些将被排序和
合并到 N^2 个排序的 .las 文件中，每个块对一个。 然后将这些合并到
ceil(log_deg N) 阶段，其中文件数量呈几何减少 -度 直到
N x N 块矩阵的每行有 1 个文件。 所以最后有 N 个排序的 .las
连接时将提供单个大的排序重叠文件的文件。

-达尔 选项（默认 4）给出每次调用所需的块比较次数
达利纳(1). 有些必须包含 DAL-1 比较，第一个 DAL-2 块比较
甚至更少，但 HPC对齐器 “计划者”尽其所能提供平均负载
每个命令的 dal 块比较。 这 -度 选项（默认 25）给出最大数量
将合并为一个的文件 拉梅奇(1) 命令。 规划师最
甚至 k-ary 合并树，其中级别数为 ceil(log_deg N)。

如果整数 第一 和 最后 丢失，则生成的脚本适用于中的每个块
数据库。 如果 第一 存在，那么 HPC对齐器 产生一个增量脚本
比较块 第一 通过 最后 (最后 = 第一 如果不存在）相互对抗和
所有先前的块 1 到 第一-1，然后增量更新 .las 文件
块 1 到 第一-1，并为块创建 .las 文件 第一 通过 最后.

每个 UNIX 命令行输出由 HPC对齐器 可以是批处理作业（我们使用 &&
操作符将几个命令组合成一行以实现这一点）。 之间的依赖关系
工作可以简单地通过首先运行所有 达利纳(1) 工作，然后所有的
初始排序作业，然后是外部合并排序的每个阶段中的所有作业。 每个
这些阶段由用于您的脚本的信息性注释行分隔
方便。

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