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idba_hybrid - 用于混合测序数据的迭代 de Bruijn 图组装器

概要

idba_混合 -r 阅读.fa -o 输出目录 [- 参考 参考文献]

商品描述

IDBA-Tran 是用于转录组的迭代 De Bruijn Graph De Novo 短读组装器。
它纯粹是基于 RNA 测序读数的从头组装器。 IDBA-Tran 使用本地
组装以重建低表达转录物中缺失的 k-mers，然后使用
contigs 上的渐进截止以将图分成组件。 每个组件
大多数情况下对应于一个基因，并且包含的​​转录本并不多。 启发式
然后使用基于对端读取的算法来查找同种型。

配置

-o, - 出去 arg（=输出）
输出目录

-r, - 读 ARG
fasta 读取文件 (<=128)

--read_level_2 ARG
二级支架的双端读取 fasta

--read_level_3 ARG
用于三级支架的双端读取 fasta

--read_level_4 ARG
用于第四级支架的双端读取 fasta

--read_level_5 ARG
第五级支架的双端读取 fasta

-l, --长读 ARG
fasta 长读文件 (>128)

- 参考 ARG
参考基因组

- 貂 参数 (=20)
最小 k 值 (<=124)

--最大k 参数 (=100)
最大 k 值 (<=124)

- 步 参数 (=20)
每次迭代的k-mer增量

--inner_mink 参数 (=10)
内部最小 k 值

--inner_step 参数 (=5)
k-mer的内部增量

- 字首 参数 (=3)
用于构建子 k-mer 表的前缀长度

--最小计数 参数 (=2)
构建图时过滤 k-mer 的最小多重性

--最小支持 参数 (=1)
每次迭代中的最小支持

--num_threads 参数 (=0)
线程数

--seed_kmer 参数 (=30)
用于对齐的种子 kmer 大小

--最小重叠群 参数 (=200)
重叠群的最小大小

--最小区域 参数 (=500)
参考基因组中区域的最小大小

- 相似的 参数 (=0.95)
对齐的相似性

--最大不匹配 参数 (=3)
纠错最大失配

--min_pairs 参数 (=3)
最小对数

--最大间隙 参数 (=50)
参考中的最大差距

--no_local
不要使用本地程序集

--无覆盖范围
不要迭代覆盖

--不正确
不做修正

--pre_更正
组装前进行预校正

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