这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一(例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器)在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 idfetch
程序:
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idfetch - 从 NCBI ID1 服务器检索生物数据
概要
取回 [-[-F STR[-G 文件名[-Q 文件名[-c N[-d STR[-e N[-f STR[-g N]
[-i N[-l 文件名[-n[-o 文件名[-q STR[-s STR[-t N]
商品描述
取回 是 NCBI 的 ID1 服务器的客户端,其中包含大量带注释的数据库
生物序列。
配置
下面是选项的摘要。
- 打印使用信息
-F STR 添加指定的特征类型(逗号分隔); 允许值为 CDD、SNP、
SNP_graph、MGC、HPRD、STS、tRNA 和 microRNA。
-G 文件名
包含 GI 列表、(版本化)加入、要转储的 FASTA SeqID 的文件
-Q 文件名
通过Entrez查询生成GI列表 文件名; 需要 -dn or -dp.
-c N 最大复杂度:
0 获取整个 blob(默认)
1 获取感兴趣的生物序列
2 得到包含感兴趣的生物序列的最小生物序列集
3 获得包含感兴趣的生物序列的最小 nuc-prot
4 获得包含感兴趣的生物序列的最小pub-set
-d STR 要使用的数据库(与 -q, 可以是 n 对于核苷酸或 p 蛋白质)。
-e N 要转储的实体编号(检索编号)
-f STR 扁平化的 SeqId。 可能的格式:
类型([姓名][,[加入][,[释放][,版本]]]) 为 '5(HUMHBB)'
类型=加入
类型:数
(类型 是指示 ASN.1 Seq-id 子类型的数字。)
-g N 要转储的单个实体的 GI id
-i N 查找类型:
0 获取 Seq-entry(默认)
1 获取 GI 状态(输出到 stderr)
2 获取 SeqIds
3 获取 GI 历史记录(仅更改序列)
4 获取修订历史(对 ASN.1 的任何更改)
-l 文件名
日志文件
-n 仅输出 GI 列表(带有 -q 和 -Q).
-o 文件名
输出文件名(默认 = 标准输出)
-q STR 通过Entrez查询生成gi列表。 需要 -dn or -dp.
-s STR FASTA 样式 SeqId 包含在引号中。 格式:
液晶|INT or STR
论坛|INT
bbm|INT
国标|ACC|禄
嵌入|ACC|禄
皮尔|ACC|姓名
sp|ACC|姓名
拍|国家|专利|以次
吉|INT
数据库|ACC|禄
公关|ACC|姓名
数据库|条目|链
-t N 输出类型:
1 文本 ASN.1(默认)
2 二进制 ASN.1
3 GenBank(仅限 Seq-entry)
4 GenPept(仅限 Seq-entry)
5 FASTA(历史表)
6 个质量分数(仅限 Seq-entry)
7 Entrez 文档摘要
8 FASTA 反向补码
使用 onworks.net 服务在线使用 idfetch