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不可磨灭 - 强大而灵活的生物进化模拟器

概要

不可磨灭

不能通过命令行传递任何选项。

商品描述

不可磨灭 可以模拟多分区核苷酸、氨基酸或密码子的进化
数据集通过插入、删除和替换的连续过程
时间。 支持所有常见的进化模型。

完整的文档 不可磨灭 可以在
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.

配置

不可磨灭 从名为的文件读取模拟运行的设置 控制.txt ，在
当前目录。 文件被分成块，每个块控制一个
模拟的特定方面。 块可以包含更多的子块。 评论可以
以 C 或 C++ 风格给出。 如果 不可磨灭 在没有控制文件的情况下执行，一个
生成示例文件。

[类型] 类型
每个控制文件都必须以 型 堵塞。 可能的类型是 核苷酸,
氨基酸及 密码子.

[设置]
此块指定非必要的用户首选项，例如输出文件类型和
随机数生成器的格式、种子以及是否输出详细信息
报告。

[模型] 型号名称
该模块启动了一个用于仿真的新进化模型。 这
特定参数，包括替代模型、插入率和密码子位点
模型通过子模型控制。 型号名称 可以是您选择的任何名称。

[树] 树名纽维克
此块用于指定具有给定名称的引导树 树名.
进化距离表示为树的分支长度 纽威克
格式。

[分支机构]
这些块用于模拟非平稳和非均匀过程。
可以在引导树的不同分支上指定不同的模型，允许
分支具有不同的替代模型、插入/缺失长度分布、速率
异质性、碱基组成等。

[分区] 分区名
在每次运行期间，可以模拟多个序列分区。 对于每个分区
必须指定引导树、进化模型和序列长度。

[发展]
在这个块内可以生成一个分区的多个副本。

版权

版权所有 © 2010 William Fletcher 许可证 GPLv3+：GNU GPL 版本 3 或更高版本。
这是免费软件：您可以自由更改和重新分发它。 没有任何保证，
在法律允许的范围内。 完整的许可证文本可在
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

致谢

威廉·弗莱彻 (William Fletcher) 和杨子衡 (2009)。 INDELible：一个灵活的生物模拟器
序列进化， 分子 生物学 和 进化， 26（8）：1879-1888。

使用 onworks.net 服务在线使用不可磨灭的