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输入 - 在运行 Psi 之前初始化文件

商品描述

该程序 输入 是一个初步程序，它读取分子的输入数据
（几何，基组等）并生成一个名为的工作文件，这是真正的
每次计算的起点。 这 输入 程序总共可以处理 100 个原子和
1500 个独特的原始高斯函数。 这 输入 程序限制使用对称性
将群指向 D2h 及其子群。

参考文献：

对于 STO 基组：

1. WJ Hehre、RF Stewart 和 JA Pople、J. Chem。 物理51 (1969) 2657。

2. WJ Hehre、R. Ditchfield、RF Stewart 和 JA Pople、J. Chem。 物理52 (1970)
2769.

对于 DZ 和旧的 TZ 基组：

1. S. Huzinaga, J. Chem. 物理42 (1965) 1293。

2. TH Dunning, J. Chem。 物理53 (1970) 2823。

对于 DZP 基组：
为 Li 和 Be；

1. AJ Thakkar, T. Koga, M. Saito, RE Hoffmeyer, Inter. J. Quant。 化学症状。 27
（1993）343。

钠和镁；

1. S. Huzinaga, Approximate Atomic Wavefunction II, Dept. of Chem. 报告，大学。 的
艾伯塔省，埃德蒙顿，加拿大艾伯塔省，1971 年。

对于 Rydberg 和负离子基组：

1. TH Dunning, Jr. 和 PJ Hay，《现代理论化学》，第 3 卷，Ed。 H。
F. Schaefer III，Plenum Press，纽约，1977 年。

对于新的 TZ 基组：

1. TH 邓宁，J. Chem。 物理55，（1971）716。

2. AD McLean 和 GS Chandler, J. Chem。 物理学，72 (1980) 5639。

对于通用合同基组：

1. TH Dunning Jr., J. Chem. 物理90，（1989）。

2. FB van Duijneveldt，IBM Res。 众议员 RJ 945 (1971)。

对于 Wachters 基组：

1. AJH Wachters, J. Chem. 物理52，（1970）1033。

对于氢的 cc-pVXZ (X=D,T,Q) 基组和
第一行原子 B-Ne：

1. TH Dunning, Jr., J. Chem. 物理90, 1007 (1989)。

对于 H 和 B-Ne 的 aug-cc-pVXZ (X=D,T,Q) 基组：

1. RA Kendall, TH Dunning, Jr. 和 RJ Harrison, J. Chem。 物理96, 6796
（1992）。

对于 cc-pVXZ 和 aug-cc-pVXZ (X=D,T,Q) 集
第二行原子Al-Ar：

1. DE Woon 和 TH Dunning, Jr.、J. Chem。 物理98, 1358 (1993)。

对于氦的 cc-pVXZ (X=D,T,Q) 基组； cc-pV5Z 和
用于 H、B-Ne 和 Al-Ar 的aug-cc-pV5Z 基组：

1. DE Woon、KA Peterson 和 TH Dunning, Jr.（未发表）。

对于 cc-pVXZ 和 aug-cc-pVXZ (X=D,T,Q) 基组
锂、铍和钠； cc-pV5Z 和 aug-cc-pV5Z
铍基组：

1. DE Woon 和 TH Dunning, Jr.（未发表）。

另见

1. R. Poirier、R. Kari 和 IG Csizmadia，“高斯基集手册”物理。
科学。 数据 24（Elsevier，1985），以及其中的参考资料。

INPUT FORMAT

除了所有 Psi 3 模块支持的标准命令行选项之外，
以下命令行参数可用：

--keep_chkpt
此选项将导致输入保留检查点文件并可能覆盖
信息。 默认情况下，输入将删除检查点文件并创建一个新的
一。

--chkptgeom
此选项将导致输入从检查点文件中读取几何图形而不是
从输入文件。

--chkptmos
这个选项会导致 INPUT 尝试从以前的分子轨道中恢复
计算存档在检查点文件中。 如果找到，被占用的 MO 将被
投影到新的基础上。 虚拟空间被虚拟 MO 填满
通过对角化核心哈密顿量获得（即使新旧基组
是相同的）。 这不会以任何方式影响后续的 SCF 程序，但是
应该记住。

--无项目
此选项将防止将 MO 投影到新基础上。 有用的
结合上一个选项。

--诺东方
此选项将防止分子重新定向到参考惯性
确定点组之前的帧。

--nocomshift
此选项将防止分子的质心向原点移动
在确定点群之前。

--savemos
这个选项会导致 INPUT 尝试从以前的分子轨道中恢复
计算存档在检查点文件中。 如果找到，SCF 特征向量和
其他信息将存储在文件 42 中。

输入 程序搜索默认关键字路径（首先 INPUT 然后 DEFAULT)
对于以下关键字：

品牌 = 绳子
这是计算的描述性标签。 没有默认值。

标准化 = 布尔
If NORMBASIS = 是，占据轨道的分子轨道系数为
以规范化的契约基函数的形式给出。 这应该总是
真的。 默认值为真。

原始规范 = 布尔
If PRINORM=YES，D、F 和 G 基元的收缩系数
输入的函数应该是对应于归一化 D(XX) 的函数，
F(XXX) 和 G(XXXX) 基元。 Psi 提供的所有基组都需要
这是真的。 默认值为真。

小组 = 绳子
这是要在计算中使用的子组。 对于 C1 点组使用
绳子 = C1; 供 Cs 使用 CS; 供词使用 CI; 供 C2 使用 C2; 供 C2h 使用 C2H; 对于 C2v
使用 C2V; 和 D2 使用 D2; 没有默认值。

唯一轴 = 绳子
此关键字指定原件中的哪个轴（在主轴之前
重新定向）坐标系应选择为唯一轴
子组规范。 例如，如果想要对 D2h 执行计算
C2v 对称性的分子，必须指定三个 C2 轴中的哪一个
作为唯一轴。 没有默认值。

单位 = 绳子
If 绳子 is 玻尔，则 几何 数组在玻尔。 如果 绳子 is 埃， 然后
此 几何 数组在 angstoms 中。 默认是 玻尔.

几何 = 排列
排列 是每个原子的笛卡尔坐标向量。 这其中的每一个元素
向量是另一种形式的向量 ( 原子名称 x y z). 没有默认值。

ZMAT = 排列
排列 是分子的 Z 矩阵。 这个向量的每个元素都是另一个
一般形式的向量 ( 原子名称 atom1 债券距离 atom2 价角
atom3 扭转角度). 前三个原子不需要所有参数
要指定 没有默认值。

纯正的 = 布尔
If 布尔 is TRUE，那么将使用具有纯角动量的壳。 因此，一个 D
shell 有五个功能，F shell 有七个功能，G shell 有
有九个功能等，默认为false。

BASIS = 字符串/字符串向量
如果基组作为单个字符串给出，则所有基组都将使用相同的基组
原子。 可以在一维字符串向量中指定每个原子的基集，
但是，用户必须小心，因为只会读取唯一原子的基组
从向量。 可以类似地指定每种元素类型的基集，
然而，基组向量的每个元素必须是一个由两个组成的向量
元素：元素名称和基组名称。 没有默认值。

基础文件 = 绳子
此关键字指定要搜索基组的备用文件的名称
信息。 文件的绝对路径或相对于当前文件的路径
可以使用目录。 如果字符串以“/”结尾（只有目录是
指定）然后将附加默认文件名“basis.dat”。

NO_REORIENT = 布尔
这个关键字是一个黑客，让用户在某些情况下有更多的控制权
重新定向到主框架会留下一些未检测到的对称元素。
设置为 TRUE，程序将跳过此重定向步骤。 用户然后
负责提供正确定向的初始方向
用于检测所有对称元素。 这对于 Z 矩阵来说可能很棘手，因此
只有专家才能使用此关键字。

KEEP_REF_FRAME = 布尔
当此关键字设置为 true 时，psi 将跟踪原始坐标
坐标系，即质心移动之后和之前的坐标系
重新定位到主框架。 该框架称为参考框架
并且，一般来说，不同于当时采用的规范坐标系
输入运行结束并用于此后所有 Psi 模块程序的计算。
因此，关于参考帧的信息需要存储在检查点中
如果 Psi 模块（例如 国际贸易中心) 需要转换其依赖于框架的结果
（例如核上的力）到外部的原始参考系
要使用的程序。 此关键字在有限差分计算中变得有用
点群的变化可能导致分子重新定向 - 当
KEEP_REF_FRAME 被设置为 TRUE 中的所有梯度 文件11 将打印在相同的
坐标系。

打印 = 整数
这控制了要打印的信息量。 数字越大——
打印的信息越多。 默认 （打印 = 1）应该足够日常
使用。

BASIS 集合

输入 程序搜索通过 BASIS 基组信息的关键字路径。
它首先搜索用户的文件，然后搜索工作中的文件
目录（如果存在），然后通过用户指定的基础文件
基础文件 关键字（如果有的话）。 最后，它搜索 Psi 库中的文件
目录。 搜索的基组名称通过附加
原子名称到基础名称，中间有一个“：”。 基组信息的格式
最好通过查看文件来理解。

标准 BASIS 集合

Psi 可以使用在 Psi 库中命名的文件中提供的标准基组
目录。 许多基组名称包含非字母数字字符。 这些名字
必须用“””括起来。

STO 这得到可用于氢的 STO-3G 基组-
氩气。 原子钠氩的 STO-3G 基组包含
D 函数。

DZ 这得到双 zeta (DZ) 基组，即 (4s/2s) 为
氢，(9s5p/4s2p) 用于硼氟，和 (11s7p/6s4p) 用于
铝氯。

(4S/2S) 这得到了氢的 DZ 基组。

(9S5P/4S2P) 这得到了硼氟的 DZ 基组。

(11S7P/6S4P) 这得到铝-氯的 DZ 基组。

DZP-OLD 这是一个带有极化函数壳的 DZ 基组
添加。 这些函数的指数是旧值。 它
可用于氢、硼-氟和铝-氯。

TZ-OLD 旧的三重 zeta (TZ) 基组是 (4s/3s) 氢，
(9s5p/5s3p) 用于硼氟，和 (11s7p/7s5p) 用于铝-
氯。 TZ 基组仅在价态中是三重 zeta。
为验证旧结果提供此基础； 不要
用它。

TZP-OLD 这是带有旧极化函数的旧 TZ 基组
添加。 它适用于氢、硼-氟和
铝氯。 此基础用于验证
旧的结果； 不要使用它。

(5S/3S) 这得到了氢的 TZ 基组。

(10S6P/5S3P) 这得到了硼氖的 TZ 基组。 TZ 基组是
仅在价态中为三重 zeta。

(12S9P/6S5P) 这得到钠-氩的 TZ 基组。 TZ 基组是
仅在价态中为三重 zeta。

1P_POLARIZATION 这将获得一组氢的极化函数。

1D_POLARIZATION 这得到一组硼氟和硼的极化函数
铝氯。

2P_POLARIZATION 这将获得两组氢的极化函数。

2D_POLARIZATION 这得到了两组硼氟的极化函数
和铝氯。

1D_POLARIZATION 这将获得一组氢的第二极化函数。

1F_POLARIZATION 这将获得一组硼的第二极化函数-
氟和铝-氯。

DZP 这得到一个 (4S/2S) 基础，带有“1P_POLARIZATION”函数，用于
氢，具有“9D_POLARIZATION”功能的 (5S4P/2S1P) 基础
对于氟锂，一个 (11S5P/7S2P) 加上两个均匀回火的 p
钠和镁的函数，以及 (11S7P/6S4P) 基与
铝-氯的“1D_POLARIZATION”函数。

TZ2P 这获得了一个 (5S/3S) 的基础，具有“2P_POLARIZATION”功能，用于
氢，具有“10D_POLARIZATION”功能的 (6S5P/3S2P) 基础
用于硼-氟和 (12S9P/6S5P) 基
铝-氯的“2D_POLARIZATION”函数。

DZ_DIF 这得到一个 DZ 基础，其中一个扩散 s 代表氢，一个扩散
s 和扩散 p 代表硼-氟和铝-氯。

TZ_DIF 这得到一个 TZ 基础，其中一个扩散 s 代表氢，一个扩散
s 和扩散 p 代表硼-氟和铝-氯。

DZP_DIF 这将获得 DZP 基础，其中包含氢的扩散 s，以及
硼-氟和铝-的漫射 s 和漫射 p
氯。

TZ2P_DIF 这将获得 TZ2P 基础，其中扩散 s 代表氢，以及
硼-氟和铝-的漫射 s 和漫射 p
氯。

TZ2PF 这将获得 TZ2P 基础并为氢添加“1D_POLARIZATION”
和“1F_POLARIZATION”用于硼-氟和铝-氯。

TZ2PD 这将获得氢气的 TZ2PF 基组。

TZ2PF_DIF 这将获得 TZ2PF 基础并添加适当的 s 漫反射
氢的函数和硼的 s 和 p 扩散函数-
氟和铝-氯。

CCPVDZ 这得到了分段收缩的相关性一致基础
设置 cc-pVDZ，即氢气和氦气的 (4s1p/2s1p)，
(9s4p1d/3s2p1d) 用于锂 - 霓虹灯，和 (12s8p1d/4s3p1d) 用于
钠和铝 - 氩。

CCPVTZ 这得到了分段收缩的相关性一致基础
设置 cc-pVTZ，即 (5s2p1d/3s2p1d) 代表氢气和氦气，
(10s5p2d1f/4s3p2d1f) for lithium - neon, and (15s9p2d1f/5s4p2d1f)
用于钠和铝 - 氩气。

CCPVQZ 这得到了分段收缩的相关性一致基础
设置 cc-pVQZ，即 (6s3p2d1f/4s3p2d1f) 代表氢和
氦气，（12s6p3d2f1g/5s4p3d2f1g）用于锂 - 氖气，以及
(16s11p3d2f1g/6s5p3d2f1g) 用于钠和铝 - 氩。

CCPV5Z 这得到了分段收缩的相关性一致基础
设置 cc-pV5Z，即 (8s4p3d2f1g/5s4p3d2f1g) 代表氢和
氦，（14s8p4d3f2g1h/6s5p4d3f2g1h）铍 - 氖，和
(20s12p4d3f2g1h/7s6p4d3f2g1h) for aluminum - argon.

请 注意: 相关一致基组 cc-pVXZ (X =
D、T、Q、5) 设计用于纯角动量
功能。

AUGCCPVDZ 这得到相关一致的基组aug-cc-pVDZ，其中
是用优化的漫反射增强的 cc-pVDZ 基组
职能。 这是氢气和氦气的扩散 (1s1p) 集
和一个用于锂的漫反射 (1s1p1d) - 氖、钠和
铝 - 氩气。

AUGCCPVTZ 这得到相关一致的基组aug-cc-pVTZ，其中
是用优化的漫反射增强的 cc-pVTZ 基组
职能。 这是一个用于氢和的漫反射 (1s1p1d) 集
氦气和用于锂的扩散 (1s1p1d1f) 设置 - 氖、钠、
和铝 - 氩气。

AUGCCPVQZ 这得到相关一致的基组aug-cc-pVQZ，其中
是用优化的漫反射增强的 cc-pVQZ 基组
职能。 这是一个用于氢和的漫反射 (1s1p1d1f) 集
氦气和用于锂的扩散 (1s1p1d1f1g) 设置 - 氖、钠、
和铝 - 氩气。

AUGCCPV5Z 这得到相关一致的基组aug-cc-pV5Z，其中
是用优化的漫反射增强的 cc-pV5Z 基组
职能。 这是一个用于氢和的漫反射 (1s1p1d1f1g) 集
氦气和用于铍的扩散 (1s1p1d1f1g1h) 设置 - 霓虹灯和
铝 - 氩气。

GCVDZ 氢的一般合同基础集，为此它是
(4s)/[2s]，对于硼氖，它是 (9s4p)/[3s2p]。

GCVTZ 氢的一般合同基础集，它是
(5s)/[3s]，对于硼氖，它是 (10s5p)/[4s3p]。

GCVQZ 氢气的一般合同基础集，它是
(6s)/[4s]，对于硼氖，它是 (12s6p)/[5s4p]。

GCV1P 这获得了一个用于氢的 P 极化壳（用于与
GCVDZ)。

GCV2P 这获得了两个氢的 P 极化壳层（用于与
GCVTZ）。

GCV3P 这将获得三个用于氢的 P 极化壳层（用于与
GCVQZ)。

GCV1D 这得到了一个氢的 D 极化壳（用于与
GCVTZ）和硼氖（用于 GCVDZ）。

GCV2D 这将获得两个氢的 D 极化壳（用于与
GCVQZ）和硼氖（与 GCVTZ 一起使用）。

GCV3D 这得到三个用于硼氖的 D 偏振壳（用于
与 GCVQZ）。

GCV1F 这得到一个氢的 F 极化壳（用于
GCVQZ）和硼氖（与 GCVTZ 一起使用）。

GCV2F 这获得了两个用于硼氖的 F 极化壳（用于与
GCVQZ)。

GCV1G 这得到一个用于硼氖的 G 偏振壳（用于与
GCVQZ)。

GCV1DPURE 这是具有明确打开的纯角动量的 GCV1D。

GCV2DPURE 这是具有明确打开的纯角动量的 GCV2D。

GCV3DPURE 这是具有明确打开的纯角动量的 GCV3D。

GCV1FPURE 这是具有明确打开的纯角动量的 GCV1F。

GCV2FPURE 这是具有明确打开的纯角动量的 GCV2F。

GCV1GPURE 这是 GCV1G，明确打开了纯角动量。

GCVDZP 氢的一般合同基础集，它是
(4s1p)/[2s1p]，对于硼氖，它是
(9s4p1d)/[3s2p1d].

GCVTZP 氢的一般合同基础集，它是
(5s2p1d)/[3s2p1d]，对于硼氖，它是
(10s5p2d1f)/[4s3p2d1f].

GCVQZP 氢气的一般合同基础集，它是
(6s3p2d1f)/[4s3p2d1f]，对于硼氖
(12s6p3d2f1g)/[5s4p3d2f1g].

DUNNING_RYDBERG_3S 这得到了硼氟的里德堡壳。

DUNNING_RYDBERG_3P 这得到了硼氟的里德堡壳。

DUNNING_RYDBERG_3D 这得到了硼氟和铝的里德堡壳-
氯。

DUNNING_RYDBERG_4S 这得到了硼氟和铝的里德堡壳-
氯。

DUNNING_RYDBERG_4P 这得到了硼-氟和铝的里德堡壳-
氯。

DUNNING_RYDBERG_4D 这得到了硼氟的里德堡壳。

DUNNING_NEGATIVE_ION_2P 这得到了一个用于硼氟和铝的漫反射壳
氯。

WACHTERS 这得到了钾、钪的 (14s11p6d/10s8p3d) 基组-
锌。

321G 这得到了一个 3-21G 的氢-氩基组。

631G 这得到了一个 6-31G 的氢-氩基组。

6311G 这得到了一个 6-311G 的氢-氖基组。

631GST 这得到了一个 6-31G* 的氢-氩基组。

631PGS 这得到了氢-氩的 6-31+G* 基组。

6311PPGSS 这得到了氢-氖的 6-311++G** 基组。

PLUSS 这将得到一个用于氢-氩的扩散 S（Pople）。

PLUSP 这得到了氢-氩的扩散 P（Pople）。

例

以下输入用于水分子：

默认： （
)

输入： （
基础 = dzp
几何 = ((o 0.0 0.00000000 0.00000000)
(h 0.0 -1.49495900 0.99859206)
(h 0.0 1.49495900 0.99859206))
)

以下输入等效于上述示例：

默认： （
)

输入： （
基础 = ( (o dzp)
(h dzp) )
几何形状 = ((氧气 0.0 0.00000000 0.00000000)
(氢 0.0 -1.49495900 0.99859206)
(氢 0.0 1.49495900 0.99859206))
)

下面是Z-matrix规范的一个例子

默认： （
)

输入： （
基础=（（氧气ccpv6z）
（氢ccpv5z））
z 矩阵 = ((x)
（o 1 1.0）
(h 2 0.995 1 127.75)
(h 2 0.995 1 127.75 3 180.0)
)
)

BASIS 设置 例

以下几行输入可以放在输入文件中以重新定义氢 DZP
基组。 请注意，当基组名称有特殊含义时必须使用双引号
其中的字符。

基础： （
氢的 DZP 基础的 % 定义：
氢：dzp = (
% 插入氢:dz:
（得到“DZ”）
% 使用 pbasis.dat 进行极化：
（获得“DUNNING_POLARIZATION”）
)
氢的 DZ 基础的 % 定义：
氢：dz = (
% 插入氢：“HUZINAGA-DUNNING_(9S/4S)”：
(得到 "HUZINAGA-DUNNING_(9S/4S)")
)
氢 (9s/4s) 基础的百分比定义：
氢：“HUZINAGA-DUNNING_（9S/4S）”=（
(S (19.2406 0.032828)
(2.8992 0.231208)
( 0.6534 0.817238))
(S (0.1776 1.0))
)
)

FILES 小节 例

以下几行输入可以放置在输入文件中以定义备用位置
寻找基组信息。 请注意，当字符串具有时必须使用双引号
其中的特殊字符。

输入： （
基础 = (mydzp mydzp mydzp)
几何 = ((o 0.0 0.00000000 0.00000000)
(h 0.0 -1.49495900 0.99859206)
(h 0.0 1.49495900 0.99859206))
% 我喜欢在我的化学应用程序中保留所有内容
% 子目录。
% 基组在
％/home/general/user/chem/my_very_own.basis
base_file = "/home/general/user/chem/my_very_own.basis"
)

输入： （
base_file = "/home/general/user/basis/dzp_plus_diff/"
% 我喜欢把所有东西都放在它自己的目录中。
% 基组在
% /home/general/user/basis/dzp_plus_diff/basis.dat
基础 = dzpdiff
几何 = ((o 0.0 0.00000000 0.00000000)
(h 0.0 -1.49495900 0.99859206)
（h 0.0 1.49495900 0.99859206））
)

LAST 事物

该程序由 Edward F. Valeev、Justin T. Fermann 博士和 Timothy J.
范惠斯。 作者要感谢 T. Daniel Crawford 博士和 Rollin A. King 的帮助。
任何问题都应通过电子邮件发送至 [电子邮件保护].

Psi 第 3 版 输入(1)

使用 onworks.net 服务在线使用输入