ipcreas - 云端在线

程序：

您的姓名

ipcreas - In-silico PCR实验模拟系统

概要

果酱 [ 选项 ] <底漆 档案> <序列 路径>

商品描述

果酱 是 I正硅 PCR E实验 S模仿 S系统。

这是一个模拟 PCR 实验的工具。 您提供了一个包含引物的文件
和一组序列，它预测 PCR 产物。

Ipcress 类似于 NCBI 的 e-PCR 程序，但速度要快得多，并且不
当引物附近有歧义符号时，识别匹配会遇到问题
结束。

如果您同时提供许多引物对，ipcress 将模拟 PCR 实验
并行，允许对大量实验进行全基因组模拟。 它使用许多
图书馆来自 开脱 序列比较工具。

INPUT FORMAT

ipcress 的输入是一个简单的空白分隔文件，描述每个实验
线。 每行包含以下 5 个字段：

id 此实验的标识符
引物_A 第一个引物的序列
引物_B 第二个引物的序列
最小产品长度 报告的最短产品长度
最大产品长度 要报告的最大产品长度

这是这种格式的示例行：

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

OUTPUT FORMAT

输出格式描述了每行一个 PCR 产物，
并以“ipcreas:”为前缀，后跟以下 11 个字段：

序列号 序列标识符
实验编号 PCR 实验编号
产品长度 PCR产物长度
底漆_5 5' 引物（A 或 B）
位置_5 5' 引物的位置
不匹配_5 5' 引物上的错配数
底漆_3 |
位置_3 | 3' 引物的相同字段
不匹配_3 |
描述 PCR产物的描述

描述字段是以下 4 个字符串之一：

前锋 正常产品，底漆 A 后接 B
转速补偿 正常产品，底漆 B 后接 A
单_A 仅由primer_A 生成的不良产品
单_B 仅由primer_B 生成的不良产品

还有一个人类可读的输出显示，不是为解析而设计的（见：
- 漂亮在下面）。

一般 配置

大多数论点都有长短两种形式。 长表格
随着时间的推移更可能稳定，因此应该在脚本中使用
调用ipcres。

-h | --简短的帮助
显示帮助。 这将显示可用选项的简明摘要，默认值
和当前设置的值。

- 帮帮我
这将显示所有帮助选项，包括默认值、当前设置的值、
以及可用于设置每个参数的环境变量。 这里将
指示哪些选项是强制性的。 强制选项没有
默认，并且必须有一个值供 ipcreas 运行。 如果强制选项
按顺序使用，它们的标志可以从命令行跳过（参见示例
以下）。 与此手册页不同，此选项中的信息将始终存在
最新版本的程序。

-v | - 版
显示版本号。 还显示其他信息，例如构建日期
和使用的 glib 版本。

文件 INPUT 配置

-i | - 输入
上面描述的 ipcress 文件格式的 PCR 实验数据。

-s | - 序列
指定序列。 这里可以指定多个文件，这样可以减少 FSM
构建开销，并使 ipcreas 运行得比运行进程更快
分别。

互联网出版社 有无库存

-m | --不匹配
指定每个引物允许的错配数。 允许不匹配减少
程序的速度必须被构建为一个大型引物邻域，并且
在每次扫描序列之前，可以在内存中安装更少的实验
数据库。

-M | - 记忆
指定程序应使用的内存量。 制造的记忆越多
可用 ipcress，它运行得越快，因为可以进行更多的 PCR 实验
在序列数据库的每次扫描中。 这不包括期间使用的内存
扫描（用于存储部分结果和序列），因此实际数量
使用的内存会略高。

-p | - 漂亮
以人类可读的格式显示结果，而不是为解析而设计的。

-P | - 产品
将 PCR 产物显示为 FASTA 格式序列。

-S | - 种子
为 FSM 指定单词邻域的种子长度。 如果设置为零，
使用完整的底漆。 较短的词减少了邻域的大小，但
增加 ipcreas 过滤误报匹配所花费的时间。

环境

尚未记录。

示例

果酱 测试文件 序列.fasta
这是可以使用 ipcress 的最简单方法。
果酱 dbsts_human.ipcreas - 序列 ncbi30/*.fasta --不匹配 1
将输入文件与一组 fasta 文件进行比较，允许每个文件不匹配
底漆。

VERSION

本文档随 exonerate 包的 2.2.0 版一起提供。

使用 onworks.net 服务在线使用 ipcreas