这是 kalign 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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kalign - 执行生物序列的多重比对。
概要
卡连 [输入文件.fasta[输出文件.fasta] [选项]
卡连 [-一世 输入文件.fasta] [-O 输出文件.fasta] [选项]
卡连 [< 输入文件.fasta] [> 输出文件.fasta] [选项]
商品描述
卡林 是一个命令行工具，用于执行生物序列的多重比对。 它
采用Muth?Manber字符串匹配算法，提高准确率和速度
的对齐方式。 它使用全局的、渐进的对齐方法，通过采用
近似字符串匹配算法来计算序列距离并通过合并
本地匹配到否则全局对齐。
配置
-s -gpo -间隙打开 -gap_open x
差距开罚。
-e -gpe -gap_ext -张开度 x
间隙扩展惩罚。
-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
终端间隙处罚。
-m -奖金 -matrix_bonus x
添加到替换矩阵的常数。
-c -种类 <输入， 树， 差距。>
序列在输出比对中出现的顺序。
-g -特征
选择特征模式并指定要使用的特征：例如 all、maxplp、
结构，PFAM-A？
-same_feature_score
对齐相同特征的分数。
-diff_feature_score
对齐不同特征的惩罚。
-d -距离 <吴， 对>
距离法
-b -树 -引导树 <新泽西州， 更新>
引导树法。
-z -z截止
用于基于 wu-manber 的距离计算的参数。
-i -在 -输入
输入文件的名称。
-o 退房手续 -输出
输出文件的名称。
-a -gap_inc
根据现有差距的数量增加差距惩罚。
-f -格式 <法斯塔， 无国界医生， 阿尔恩， 克鲁， macsim>
输出格式。
-q -安静的
不向 STDERR 打印任何内容。 从 STDIN 不读取任何内容。
参考文献：
· Timo Lassmann 和 Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - 一个准确且快速的倍数
序列比对算法。 BMC 生物信息学 6:298
· Timo Lassmann、Oliver Frings 和 Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2：
蛋白质和核苷酸序列的高性能多重比对允许
外部特征。 核酸研究 3:858?865。
作者
麝香草 拉斯曼 <[电子邮件保护]>
Kalign 的上游作者。
查尔斯 普莱西 <[电子邮件保护]>
编写了联机帮助页。
版权
版权所有 © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann
Kalign 是免费软件。 您可以根据以下条款重新分发和/或修改它
由自由软件基金会发布的 GNU 通用公共许可证。
本手册页由 Charles Plessy 编写[电子邮件保护]> 用于 Debian(TM)
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