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kmer-mask - 按 kmer 内容屏蔽和过滤核苷酸序列集

概要

kmer-掩码 {-小说|-确认的} [-mdb mer-数据库[-多发性硬化症 尺寸[-edb 存在数据库[-m
最小尺寸[-e 扩展尺寸] [-低阈值 l[- 高阈值 h[-t 线程[-v[-h
直方图[-推动|-降级|-丢弃] -1 在.1.fastq [-2 在.2.fastq] -o 输出前缀

商品描述

kmer 内容屏蔽和过滤序列集（假定为读取）。 掩蔽可以
保留不在数据库中的新序列，或保留已确认的序列
在数据库中。 过滤将完全、部分或未屏蔽地分离序列。

配置

-mdb mer-数据库
从负载屏蔽 kmers 梅丽尔(1) mer-数据库

-多发性硬化症 尺寸

-edb 存在数据库
将屏蔽 kmers 保存到 存在数据库(1) 档案 存在数据库 为了更快的重启

-1 在.1.fastq

-2 在.2.fastq
input 读取 fastq、fastq.gz、fastq.bz2 或 fastq.xz 格式的文件。 第二个是
可选，但如果不存在会弄乱输出分类。

-o 输出
输出读取的前缀

输出.完全屏蔽。[12].fastq
保留低于“低阈值”碱基的读取

输出.partiallymasked.[12].fastq
中间读

输出.保留.[12].fastq
保留超过“高阈值”碱基的读取

输出.discarded.[12].fastq
读取状态冲突

-m 最小尺寸
忽略低于这么多连续公里数的数据库命中 (0)

-e 扩展尺寸
在这么多丢失的 kmer 中扩展数据库命中 (0)

-小说 保留数据库中不存在的新序列

-确认的
保留数据库中存在的确认序列

-推动
将较少的 RETAINED 读取提升为较多 RETAINED 读取的状态
read1=fullymasked 和 read2=partiallymasked -> 两者都是部分掩码

-降级
将更多 RETAINED 读取降级为较少 RETAINED 读取的状态
read1=fullymasked 和 read2=partiallymasked -> 两者都是完全屏蔽的

-丢弃
丢弃具有冲突状态（默认）的对 read1=fullymasked 和
read2=partiallymasked -> 两者都被丢弃

统计 on 标准错误， 数 of 序列 量 保留：
-低阈值 t
(0.3333)

- 高阈值 t
(0.6667)

-h 直方图
写出保留序列数量的直方图

-t t 使用 t 计算线程

-v 显示进度

使用 onworks.net 服务在线使用 kmer-mask