这是 kraken-build 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
kraken-build - 为短 DNA 序列分配分类标签
概要
海妖建造 [任务 选项[选项]
商品描述
任务 选项 （确切地 一种 必须 be 选择）：
--下载分类法
下载 NCBI 分类信息
--下载库 型
下载部分库（TYPE = “细菌”、“质粒”、“病毒”、“人类”之一）
--添加到库 文件
将 FILE 添加到库
- 建造
从库创建数据库（需要分类法 d/l'ed 和至少一个库中的文件）
- 重建
从库创建数据库，如 - 建造, 但删除现有的非库/分类文件
构建前
- 干净的
从构建的数据库中删除不需要的文件
- 收缩 新_CT
将现有数据库缩小为只有 NEW_CT k-mers
- 标准
下载并创建默认数据库
- 升级
升级现有的旧数据库以使用加扰的最小化排序（请参阅自述文件
了解详细信息）
- 帮帮我 打印此消息
- 版
打印版本信息
配置
- D b 您的姓名
Kraken 数据库/库名称（强制性除外 - 帮帮我/ - 版本）
--线程 #
线程数（定义：1）
--新数据库 您的姓名
新的 Kraken 数据库名称（仅限收缩任务；收缩任务是必需的）
--kmer-len 民
以 bp 为单位的 K-mer 长度（仅限构建/收缩任务；定义：31）
--最小化长度 民
以 bp 为单位的最小长度（仅限构建/收缩任务；定义：15）
--jellyfish 哈希大小 STR
在构建数据库时将特定的哈希大小参数传递给 jellyfish（构建任务
只有）
--最大数据库大小 尺寸
在完全构建之前收缩 DB，确保数据库和索引一起使用 <=
SIZE GB（仅限构建任务）
--收缩块偏移 民
收缩时，选择距离块末尾NUM位置的k-mer
k-mers（默认值：1）
--磁盘工作
在磁盘上而不是在 RAM 中执行大多数操作（会减慢大多数情况下的构建速度）
案例）
使用 onworks.net 服务在线使用 kraken-build
