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loadPulses - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 loadPulses

这是命令 loadPulses,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

名称


loadPulses - 加载排序脉冲信息

概要


负载脉冲 bas文件名 文件名 [选项]

商品描述


负载脉冲 加载排序脉冲信息,例如脉冲间距离或质量
cmp.h5 文件中的信息。 这允许人们分析动力学和质量
对齐列的信息。

配置


bas文件名
输入 {bas,pls}.h5 或 input.fofn。

文件名
用于加载脉冲信息的 cmp.h5 文件。

-指标
逗号分隔的指标列表(没有空格)。

有效的选项是:
WhenStarted, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeletionQV, DeletionTag,
SubstitutionTag、SubstitutionQV、PreBaseFrames、IPD、StartFrame、PulseWidth、
WidthInFrames、Light、pkmid、ClassifierQV、PulseIndex

默认选项是:
QualityValue、ClassifierQV、StartFrame、PulseWidth、WidthInFrames、pkmid、
IPD

-failOnMissingData
如果 bas.h5 或 pls.h5 输入中缺少任何数据字段,则退出
需要加载指标。 默认是一个警告。

-byread
通过读取而不是缓冲指标加载脉冲信息。

-通过度量
按度量而不是读取加载脉冲信息。 这比
-byread,但可以更快。

-maxElements
设置要缓冲的 pls/bas 文件的大小限制 -通过度量 (默认值:
最大整数)。 用 -byread 如果超过限制。

-max内存
在内存上设置限制(以 GB 为单位)以缓冲数据 -通过度量 (默认值:4
GB)。 用 -byread 如果超过限制。

-metaN元素
设置元数据缓存中用于读取 bas/bax/pls.h5 文件的元素数。

-rawN 元素
设置原始数据缓存中用于读取 bas/bax/pls.h5 文件的元素数。

-rawChunkSize
设置用于读取 bas/bax/pls.h5 文件的原始数据缓存的块大小。

使用 onworks.net 服务在线使用 loadPulses


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