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locuspocus - 计算给定基因注释的基因座坐标

概要

位点 [选项] gff3文件1 [gff3文件2 gff3文件3 ...]

商品描述

基本选项：

-d|--调试
将详细的调试消息打印到终端（标准错误）

-h|--帮助
打印此帮助消息并退出

-v|--版本
打印版本号并退出

iLocus 解析：

-l|--delta: 整数
解析区间位点时，使用下面的delta来扩展基因位点并包括
潜在的监管区域； 默认值为 500

-s|--跳过
枚举区间位点时，排除未注释的（可能是不完整的）
序列两端的 iLoci

-e|--只结束
仅报告序列未注释末端的不完整 iLocus 片段
（补充 --跳过)

-y|--skipiiloci
不报告基因间 iLoci

细化选项：

-r|--精炼
默认情况下，如果基因有任何重叠，它们会被分组在同一个 iLocus 中； '精炼'
模式允许更细致地处理重叠基因

-c|--光盘
使用 CDS 而不是 UTR 来确定基因重叠； 暗示“精炼”模式

-m|--minoverlap: 整数
两个基因必须重叠的最小核苷酸数才能归为同一组
iLocus; 默认为 1

输出选项：

-n|--namefmt：STR
提供一个 printf 风格的格式字符串来覆盖新的默认 ID 格式
创建的位置； 对于 loci 和 'iLocus%lu'，默认值为 'locus%lu'（locus1、locus2 等）
(iLocus1, iLocus2, etc) 用于区间轨迹； 注意格式字符串应该包括一个
用长无符号整数值填充的单个 %lu 说明符

-i|--iles: 文件
使用每个基因间 iLocus 的长度创建一个文件

-g|--基因图：文件
打印从每个基因注释到其对应位点到给定的映射
文件

-o|--outfile: 文件
将写入结果的文件名； 默认是终端（标准
输出）

-T|--保留类
保留输入文件中的原始特征 ID； 如果输入会产生冲突
包含重复的 ID 值

-t|--transmap: 文件
打印从每个转录本注释到其对应位点的映射到
给定文件

-V|--详细
在 GFF3 输出中包括所有位点子特征（基因、RNA 等）； 默认
仅包括轨迹特征

输入选项：

-f|--过滤器：类型
用于构建 loci/iLoci 的以逗号分隔的特征类型列表； 默认是
'基因'

-p|--父：CT：PT
如果 $CT 类型的特征存在而没有父项，则为此特征创建一个父项
类型为 $PT; 例如，mRNA:gene 将创建一个基因特征作为父母
任何顶级mRNA特征； 可以多次指定此选项

-u|--伪
纠正错误标记的假基因

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