这是命令 macs2_bdgcmp，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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macs2_bdgcmp - 基于模型的 ChIP 测序分析
商品描述
用法：macs2 bdgcmp [-h] -t 文件 -c CFILE [-S SFACTOR] [-p 伪计数]
[-m {ppois,qpois,减法,logFE,FE,logLR,slogLR}
[{ppois,qpois,减,logFE,FE,logLR,slogLR} ...]]
[--outdir OUTDIR] (--o-前缀 前缀 | -o 文件 [文件 ...])
可选 参数：
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出
-t 文件， --t文件 文件
治疗床图文件，例如来自 MACSv2 的 *_treat_pileup.bdg。 必需的
-c 文件， --c文件 文件
控制床图形文件，例如来自 MACSv2 的 *_control_lambda.bdg。 必需的
-S 因子， --缩放因子 因子
治疗和控制跟踪的比例因子。 在大多数情况下保持为 1.0 或默认值
案件。 仅当您有来自 MACS2 callpeak 的 SPMR 输出时才设置它，并计划
计算分数作为 MACS2 callpeak 模块。 如果你想模拟'callpeak' w/o
'--to-large', 过滤冗余后计算有效的较小样本量
以百万读取（例如，如果有效读取为 31.415926，则输入 31,415,926）并输入
'-S'; 对于 'callpeak --大'，计算较大样本中的有效读数。
默认值：1.0
-p 伪计数， --伪计数 伪计数
用于计算 logLR、logFE 或 FE 的伪计数。 将应用计数
测序深度归一化后。 默认值：0.0，不应用伪计数。
-m {ppois,qpois,减法,logFE,FE,logLR,slogLR}
[{ppois,qpois,减,logFE,FE,logLR,slogLR} ...], - 方法
{ppois,qpois,减去,logFE,FE,logLR,slogLR} [{ppois,qpois,减去,logFE,FE,logLR,slogLR}
...]
通过比较处理值和计算任何 bin 中的分数时使用的方法
控制值。 可用选项有：ppois、qpois、subtract、logFE、logLR 和
slogLR。 它们代表 Poisson Pvalue (-log10(pvalue) 形式) 使用控制作为 lambda
和作为观察的处理，通过泊松 pvalues 的 BH 过程的 q 值，
从治疗中减去，线性标度倍数富集，log10 倍
富集（需要设置伪计数），ChIP 富集模型之间的 log10 似然
并打开染色质模型（需要设置pseudocount），对称log10似然
在两个 ChIP 富集模型之间。 默认选项是 ppois。
--outdir 外向
如果指定，则所有输出文件都将写入该目录。 默认值：
当前工作目录
--o-前缀 前缀
输出 BedGraph 文件的 PREFIX 以写入分数。 如果它作为 A 给出，并且方法
是'ppois'，输出文件将是A_ppois.bdg。 与互斥 -o/--文件。
-o OFILE [OFILE ...]， --o文件 文件 [文件 ...]
输出文件名。 与互斥 --o-前缀. 数量和顺序
论据 --o文件 必须与 for 相同 -m.
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