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macs2_callpeak - 基于模型的 ChIP 测序分析

商品描述

用法：macs2 callpeak [-h] -t TFILE [TFILE ...] [-c [CFILE [CFILE ...]]]

[-f {自动、BAM、SAM、BED、ELAND、ELANDMULTI、ELANDEXPORT、领结、BAMPE}]
[-g GSIZE] [--keep-dup KEEPDUPLICATES] [--缓冲区大小 BUFFER_SIZE] [--outdir
OUTDIR] [-n 名称] [-B] [--verbose VERBOSE] [--trackline] [--SPMR] [-s TSIZE] [--bw
BW] [-m MFOLD MFOLD] [--fix-bimodal] [--nomodel] [--shift SHIFT] [--extsize
[-q QVALUE | EXTSIZE] [-q QVALUE | EXTSIZE] -p PVALUE] [--to-large] [--ratio RATIO] [--down-sample]
[--seed SEED] [--nolambda] [--slocal SMALLLOCAL] [--llocal LARGELOCAL] [--broad]
[--broad-cutoff BROADCUTOFF] [--cutoff-analysis] [--call-summits] [--fe-cutoff
关闭]

可选 参数：
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出

输入 档 参数：
-t TFILE [TFILE ...]， - 治疗 TFILE [TFILE ...]
ChIP-seq 处理文件。 如果多个文件被指定为“-t AB C”，那么它们将
全部阅读并汇集在一起​​。 必需的。

-c [CFILE [CFILE ...]]， - 控制 [CFILE [CFILE ...]]
控制文件。 如果多个文件被指定为“-c AB C”，它们将被合并到
估计 ChIP-seq 背景噪声。

-f {汽车，BAM，SAM，床，ELAND，ELANDMULTI，ELANDEXPORT，领结，BAMPE}， - 格式
{汽车、BAM、SAM、BED、ELAND、ELANDMULTI、ELANDEXPORT、领结、BAMPE}
标签文件的格式，“AUTO”、“BED”或“ELAND”或“ELANDMULTI”或“ELANDEXPORT”或
“SAM”或“BAM”或“BOWTIE”或“BAMPE”。 默认的 AUTO 选项会让 MACS 决定
文件是哪种格式。 如果您选择，请检查 README 文件中的定义
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE。 默认：“自动”

-g G尺寸， --gsize 尺寸
有效基因组大小。 它可以是 1.0e+9 或 1000000000，或者是shortss:'hs' for human
(2.7e9)，'mm' 代表鼠标 (1.87e9)，'ce' 代表秀丽隐杆线虫 (9e7)，'dm' 代表果蝇
(1.2e8)，默认值：hs

--保持同步 保留副本
它控制 MACS 对完全相同位置的重复标签的行为 --
相同的协调和相同的链。 'auto' 选项使 MACS 计算
基于二项分布的完全相同位置的最大标签使用
1e-5 作为 pvalue 截止值； 并且“全部”选项保留每个标签。 如果一个整数是
给定，最多这个数量的标签将保留在同一位置。 默认的
是将一个标签保留在同一位置。 默认值：1

- 缓冲区大小 缓冲区大小
缓冲区大小用于逐步增加内部数组大小以存储读取
对齐信息。 在大多数情况下，您不必更改此参数。
但是，如果您的体内有大量染色体/重叠群/支架
对齐，建议指定较小的缓冲区大小以减少
内存使用情况（但读取对齐文件需要更长的时间）。 最小内存
读取对齐文件的请求约为 # of CHROMOSOME * BUFFER_SIZE * 2
字节。 默认值：100000

输出 参数：
--outdir 外向
如果指定，则所有输出文件都将写入该目录。 默认值：
当前工作目录

-n NAME， - 姓名 您的姓名
实验名称，将用于生成输出文件名。 默认：“不”

-B, --bdg
是否保存扩展片段堆积，以及本地 lambda 轨迹（两个
文件）在每个 bp 到一个 BedGraph 文件中。 默认值：错误

--详细 详细
设置运行时消息的详细级别。 0：只显示关键信息，1：显示
附加警告信息，2：显示进程信息，3：显示调试信息。
默认：2

--轨迹线
告诉 MACS 将轨迹线包含在 bedGraph 文件中。 包含此轨迹线
在 UCSC 基因组浏览器中显示 bedGraph 时，可以显示名称和描述
文件也是如此。 但是我的建议是将 bedGraph 转换为 bigWig，然后显示
UCSC 基因组浏览器中更小更快的二进制 bigWig 文件，以及
下游分析。 要求 -B 要设置。 默认值：不包括轨迹线。

--SPMR 如果为 True，MACS 将为片段堆积配置文件保存每百万读数的信号。
要求 -B 要设置。 默认值：假

转移 模型 参数：
-s 尺码， --tsize 尺码
标签大小。 这将覆盖自动检测的标签大小。 默认：未设置

--bw BW
用于选择区域以计算片段大小的带宽。 该值仅用于
在构建移位模型时。 默认值：300

-m MFOLD MFOLD， --mfold 折叠 折叠
选择高置信度富集比MFOLD范围内的区域
建立模型的背景。 区域中的折叠富集必须低于上
限，且高于下限。 用作“-m 10 30”。 默认值：5 50

--修复双峰
是否开启自动配对模型过程。 如果设置，当 MACS 构建失败时
配对模型，它将使用 nomodel 设置， --ex大小 扩展参数
每个标签朝向 3' 方向。 不使用此自动固定是默认设置
现在的行为。 默认值：错误

--nomodel
是否构建移位模型。 如果为 True，MACS 将不会构建模型。 经过
默认它意味着移动 size = 100，尝试设置 extsize 来改变它。 默认：
假

- 转移 SHIFT
（不是遗产 --移位大小 选项！）bp 中的任意偏移。 谨慎使用
将其设置为默认值以外的值。 当设置了 NOMODEL 时，MACS 将使用这个
将切割端 (5') 向 5'->3' 方向移动的值，然后将 EXTSIZE 应用于
将它们扩展为片段。 当此值为负时，末端将移向
3'->5' 方向。 建议将其保留为 ChIP-Seq 数据集的默认值 0，或 -1
* EXTSIZE 的一半与 EXTSIZE 选项一起用于检测丰富的切割轨迹
例如某些 DNAseI-Seq 数据集。 请注意，如果出现以下情况，则不能设置 0 以外的值
双端数据格式为 BAMPE。 默认值：0。

--扩展大小 外尺寸
以 bp 为单位的任意扩展大小。 当 nomodel 为 true 时，MACS 将使用此值
作为片段大小将每个读取扩展到 3' 末端，然后将它们堆积起来。 它是
正好是过时的 SHIFTSIZE 数量的两倍。 在以前的语言中，每次阅读都是
将 5'->3' 方向移动到片段中间 1/2 d，然后扩展到两者
方向 1/2 d。 这相当于说每次读取都扩展到
5'->3' 进入广告尺寸片段。 默认值：200。EXTSIZE 和 SHIFT 可以在以下情况下组合使用
必要的。 检查 SHIFT 选项。

高峰 调用 参数：
-q Q值， --q值 Q值
峰值检测的最小 FDR（q 值）截止值。 默认值：0.05。 -q和 -p 旨在
互相排斥。

-p 值， --p值 价值
峰值检测的 Pvalue 截止值。 默认：未设置。 -q和 -p 是相互的
独家的。 如果设置了 pvalue cutoff，则不会计算 qvalue 并将其报告为
-1 在最终的 .xls 文件中。

--大
设置后，将小样本放大到大样本。 默认情况下，更大的
数据集将缩小到较小的数据集，这将导致较小的数据集
p/qvalues 和更具体的结果。 请记住，按比例缩小会降低
背景噪音更多。 默认值：错误

- 比率 RATIO
设置后，使用 ChIP/control 的自定义缩放比例（例如使用 NCIS 计算）
用于线性缩放。 默认值：ingore

--下样本
设置后，随机抽样方法将缩小较大的样本。 默认情况下，
MACS 使用线性缩放。 警告：此选项会使您的结果不稳定并且
不可重复，因为每次都会选择随机读取。 考虑使用
'randsample' 脚本代替。 如果与 --SPMR, 1
将随机挑选百万个独特的读取。 注意：由于
实施，最终选定的读取数可能与您预期的不一样！
默认值：错误

- 种子 种子
下采样数据时设置随机种子。 必须是非负整数
为了有效。 默认：未设置

--nolambda
如果为 True，MACS 将使用固定背景 lambda 作为每个峰值的本地 lambda
地区。 通常，MACS 计算动态局部 lambda 以反映局部偏差
由于潜在的染色质结构。

--slocal 小地方
用于计算动态 lambda 的基对中的小附近区域。 这用于
捕捉峰顶区域附近的偏差。 如果没有控制数据则无效。
如果将此设置为 0，MACS 将跳过 slocal lambda 计算。 *注意* MACS
将始终执行 d 大小的本地 lambda 计算。 最终的局部偏差应该
是来自 d、slocal 和 llocal 大小窗口的 lambda 值的最大值。
默认值：1000

--l本地 大型本地
用于计算动态 lambda 的基对中的大附近区域。 这用于
捕捉环绕声偏置。 如果将此设置为 0，MACS 将跳过 llocal lambda
计算。 *注意* MACS 将始终执行 d 大小的本地 lambda
计算。 最终的局部偏差应该是来自 d 的 lambda 值的最大值，
slocal 和 llocal 大小的窗口。 默认值：10000。

- 广阔
如果设置，MACS 将尝试通过链接附近的高富集来调用宽峰
地区。 连接区域由另一个截止控制通过
--链接截止. 最大链接区域长度是 MACS 中 d 的 4 倍。
默认值：错误

--宽限期 全面停工
广泛区域的截止。 此选项不可用，除非 - 广阔 设置。 如果 -p
设置，这是一个 pvalue 截止，否则，它是一个 qvalue 截止。 默认值：0.1

--截止分析
设置后，MACS2 将分析可调用的峰的数量或总长度
不同的 p 值截止然后输出一个汇总表来帮助用户决定一个更好的
隔断。 该表将保存在 NAME_cutoff_analysis.txt 文件中。 注意，minlen 和
maxgap 可能会影响结果。 警告：可能需要大约 30 倍的时间才能完成。
默认值：错误

后期处理 opţiuni:
--电话峰会
如果设置，MACS 将使用更复杂的信号处理方法来查找
每个富集峰区的次峰顶峰。 默认值：错误

--fe-截止 关断
设置后，该值将用于过滤掉低倍富集的峰。
注意，MACS2 在计算折叠富集时使用 1.0 作为伪计数。 默认值：1.0

使用 onworks.net 服务在线使用 macs2_callpeak