这是命令 macs2_cmbreps 可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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macs2_cmbreps - 基于模型的 ChIP 测序分析
商品描述
用法:macs2 cmbreps [-h] -i IFILE [IFILE ...] [-m {fisher,max,mean}]
[--outdir OUTDIR] -o 文件
可选 参数:
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出
-i IFILE [I文件...]
每个复制品在bedGraph 中的MACS 分数。 正好需要两个文件,例如 '-i A
乙'。 必需的
-m {渔夫,最大,平均值}, - 方法 {费舍尔,最大,平均}
结合重复的分数时使用的方法。 1)fisher:Fisher的组合
概率测试。 它需要 ppois 形式的分数(-log10 pvalues) 来自 bdgcmp。
此方法的其他类型的分数可能会导致 cmbreps 意外错误。 2) 最大值:
从每个基因组位置的重复中取最大值。 3)意思是:取
平均值。 请注意,除了 Fisher 方法,最大值或平均值将按原样计算分数
这意味着他们不会将分数从对数刻度转换为线性刻度,反之亦然。
--outdir 外向
如果指定,则所有输出文件都将写入该目录。 默认值:
当前工作目录
-o 文件, --o文件 文件
输出组合分数的 BEDGraph 文件名。
使用 onworks.net 服务在线使用 macs2_cmbreps