这是命令 macs2_randsample 可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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macs2_randsample - 基于模型的 ChIP 测序分析
商品描述
用法:macs2 randsample [-h] -t TFILE [TFILE ...] (-p 百分比 | -n 数字)
[--seed 种子] [-o 输出文件] [--outdir OUTDIR]
[-s TSIZE] [-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}] [--详细
详细]
可选 参数:
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出
-t TFILE [TFILE ...], --t文件 TFILE [TFILE ...]
ChIP-seq 比对文件。 如果多个文件被指定为“-t AB C”,那么它们将
全部阅读并合并。 请注意,对端数据不应该与此一起使用
命令。 必需的。
-p 百分比, - 百分比 百分比
您想要保留的标签百分比。 输入 80.0 表示 80%。 这个选项不能用
同时 -n/--数字。 必需的
-n 数字, - 数字 NUMBER
您要保留的标签数量。 输入 8000000 或 8e+6 表示 8 万。 这个选项
不能与 -p/ - 百分。 注意标签的数量
输出与此处指定的数字近似。 必需的
- 种子 种子
下采样数据时设置随机种子。 必须是非负整数
为了有效。 默认:未设置
-o 输出文件, --o文件 输出文件
输出 BED 文件名。 如果未指定,将写入标准输出。 默认:
标准输出
--outdir 外向
如果指定,则所有输出文件都将写入该目录。 默认值:
当前工作目录
-s 尺码, --tsize 尺码
标签大小。 这将覆盖自动检测的标签大小。 默认:未设置
-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE} - 格式
{汽车、BAM、SAM、BED、ELAND、ELANDMULTI、ELANDEXPORT、领结}
标签文件的格式,“AUTO”、“BED”或“ELAND”或“ELANDMULTI”或“ELANDEXPORT”或
“SAM”或“BAM”或“BOWTIE”。 默认的 AUTO 选项将由 macs2 randsample 决定
文件是哪种格式。 如果您选择,请检查 README 文件中的定义
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE。 默认:“自动”
--详细 详细
设置详细级别。 0:只显示关键信息,1:显示附加警告
消息,2:显示进程信息,3:显示调试消息。 如果你想知道
重复读取在哪里,使用 3. DEFAULT:2
使用 onworks.net 服务在线使用 macs2_randsample