这是 masai_mapper 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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masai_mapper - 马赛映射器
概要
masai_mapper [选项]
商品描述
Masai 是一种基于近似种子和多个的快速准确的读取映射器
回溯。
我们 http://www.seqan.de/projects/masai 获取更多信息.
(c) 版权所有 2011-2012 由 Enrico Siragusa。
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映射选项：
-毫米, --映射模式 STR
选择映射模式。 其中之一，最好的，最好的。 默认值：任何最佳。
-mb, --映射块 民
一次映射的最大读取数。 在 [10000..inf] 范围内。 默认：
2147483647.
-e, --错误 民
每次读取的最大错误数。 在 [0..32] 范围内。 默认值：5。
-sl, --种子长度 民
最小种子长度。 在 [10..100] 范围内。 默认值：33。
-ng, --无间隙
不要将读取与间隙对齐。
基因组索引选项：
-x, - 指数 STR
选择基因组索引类型。 esa、sa、qgram 和 fm 之一。 默认值：sa。
-xp, --index-前缀 STR
指定基因组索引前缀名称。 默认值：使用基因组文件名前缀。
输出选项：
-o, - 输出文件 文件
指定输出文件。 默认值：使用读取文件名前缀。 有效的文件类型
分别是：raw 和 sam。
-NC, --无雪茄
不输出 CIGAR 字符串。 这仅影响 SAM 输出。
调试选项：
-nv, --不验证
不验证种子命中。
-nd, --无转储
不要转储结果。
-纳米, --无多个
禁用多重回溯。
VERSION
masai_mapper 版本：0.7.1 [14053] 最后更新 2013-05-16
使用 onworks.net 服务在线使用 masai_mapper
